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2020-08-17
Mantel test 分析兩個距離矩陣之間的相關(guān)性 做微生物菌落少不了分析環(huán)境因子（pH罢杉，有機碳，總氮贡歧，鹽度等）與菌落的相關(guān)性滩租，此時便需要做C...
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第八章 單變量群落分析我們將微生物群落組成研究分為兩個主要部分：(1)分類多樣性、OTUS和類群的假設(shè)檢驗艘款；(2)類群間差異分析。第一個成分主要屬于單變量群落分析沃琅。第...
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第九章 多變量群落分析2步驟1：以適當(dāng)?shù)母袷郊虞d和讀取OTU表：設(shè)置目錄的方式與我們在前幾章中所做的相同哗咆。“td_OTU_tag_mapped_lineage.txt”...
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第十章 微生物組數(shù)據(jù)的成分分析10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析導(dǎo)論） ①什么是成分數(shù)據(jù)益眉？ 根據(jù)韋伯斯特第二版新...
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第九章 多變量群落分析1微生物群落研究的主要目標(biāo)是比較不同群落的組成(β多樣性)晌柬。在第6章介紹了β多樣性，并舉例說明了如何計算β多樣性指數(shù)郭脂。得到β多樣性指數(shù)后年碘，可以對其...
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第七章 微生物組數(shù)據(jù)的探索性分析.2Redundancy Analysis (RDA)：與三種基本排序方法相對應(yīng)，vegan包有三種版本的約束排序：冗余分析(RDA展鸡，與主成分分析相...
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第七章 微生物組數(shù)據(jù)的探索性分析.1微生物群落組成的研究方法可以分為兩大類：分類多樣性分析和微生物群落組成的多元分析屿衅。多變量分析包括各種多變量技術(shù)，如聚類和(無約束和有約束的)排序...
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第六章 群體多樣性計算和測量6.1 Vdr?/?小鼠數(shù)據(jù)集 小鼠腸道微生物組數(shù)據(jù)(金等人)莹弊。(2015年)是從維生素D受體基因敲除(維生素D受體?/?)和野生型(WT)小鼠...
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第五章 微生物組數(shù)據(jù)功效和樣本量計算5.1假設(shè)檢驗和功效分析 ①假設(shè)檢驗：統(tǒng)計學(xué)的主要目的是根據(jù)樣本信息對未知的總體參數(shù)進行推斷：從觀察到的樣本數(shù)據(jù)中得出關(guān)于總體的結(jié)論涤久。統(tǒng)計推斷包...