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空間數(shù)據(jù)可視化：2D or 3D庭敦？
盡管我們對(duì)3D的和交互的動(dòng)圖有某種偏好，但是長(zhǎng)久以來主流期刊雜志依然以2D的靜態(tài)圖為主寺谤。這當(dāng)然與現(xiàn)在的媒體技術(shù)有關(guān)，雖然多媒體技術(shù)已經(jīng)允許我們這...
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SPATA：基因集驅(qū)動(dòng)的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架SPATA - SPAtial Transcriptomic Analysis : 空間轉(zhuǎn)錄組分析-提供了一個(gè)R函數(shù)和交互應(yīng)用的工具，使空間轉(zhuǎn)...
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空間轉(zhuǎn)錄組如何尋找感興趣區(qū)域（ROI）
有過計(jì)算機(jī)視覺和影像組學(xué)數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)的朋友凌彬，對(duì)感興趣區(qū)域（region of interest，ROI）不會(huì)感到陌生循衰。感興趣區(qū)域就像它的字面意思...
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trendsceek || 識(shí)別基因空間表達(dá)趨勢(shì)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)使得我們可以在組織成像的基礎(chǔ)上考察基因表達(dá)情況铲敛，同時(shí)也需要新的分析策略。trendsceek是一種基于標(biāo)記點(diǎn)過程的方法会钝，識(shí)別具有顯...
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STUtility || 空間轉(zhuǎn)錄組多樣本分析框架（二）前情回顧：應(yīng)用空間統(tǒng)計(jì)學(xué)分析空間表達(dá)數(shù)據(jù)[http://www.reibang.com/p/1f48ff89be8a]空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的...
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STUtility || 空間轉(zhuǎn)錄組多樣本分析框架（一）應(yīng)用空間統(tǒng)計(jì)學(xué)分析空間表達(dá)數(shù)據(jù)[http://www.reibang.com/p/1f48ff89be8a]空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的運(yùn)用[ht...
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空間轉(zhuǎn)錄組教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率最近開發(fā)的空間基因表達(dá)技術(shù)伐蒋，如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在保留空間背景的同時(shí)，全面測(cè)量轉(zhuǎn)錄組譜迁酸。然而先鱼，現(xiàn)有的空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析方法往往不能有效利用空間信...
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用ImageJ處理空間成像數(shù)據(jù)我們經(jīng)常看到Visium 空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)告中有圖像數(shù)據(jù)奸鬓，那么它是怎么得的呢焙畔？今天給大家演示一下用ImageJ來處理空間圖像數(shù)據(jù)，盡管這只是Imag...
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SpatialExperiment || 空間數(shù)據(jù)管理我們知道單細(xì)胞數(shù)據(jù)的激增和它的高維特征催生了針對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)格式：Seurat對(duì)象串远、singlecellexperiment對(duì)象以及annd...
