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Seurat的scATAC-seq分析流程Seurat 3.X版本能夠整合scRNA-seq和scATAC-seq, 主要體現(xiàn)在： 基于scRNA-seq的聚類結果對scATAC-seq...
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pandas實現(xiàn)篩選功能方式【探索AnnData數(shù)據(jù)格式】1. 篩選出數(shù)據(jù)的指定幾行數(shù)據(jù) adata.obs[1:10] 2. 篩選出數(shù)據(jù)某列為某值的所有數(shù)據(jù)記錄 adata.obs[adata.obs...
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pandas把Series組合成DataFrame
pandas如何把Series組合成DataFrame呢关贵？這個要分情況而定关面，可以用pd.DataFrame()方式組合勤家，也可以用concat函數(shù)...
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單細胞聚類---淺析監(jiān)督學習與無監(jiān)督學習
單細胞轉(zhuǎn)錄組分析在線性降維后通常要進行聚類处坪，使用到機器學習的常用方法驾茴，主要分為有監(jiān)督學習[supervised learning]和無監(jiān)督學習u...
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scanpy數(shù)據(jù)整合批次效應去除原理引用：葬花樸[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_cor...
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anndata稀疏矩陣csr_matrix最近在用scanorama進行單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整合的過程中锅必，出現(xiàn)報錯 經(jīng)過檢查發(fā)現(xiàn)是data.X 數(shù)據(jù)格式不正確事格，需要進行格式轉(zhuǎn)換后再整合 這里...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組：單細胞歸一化和識別高變基因歸一化和回歸不必要的變異 現(xiàn)在我們有了高質(zhì)量的細胞，我們首先需要探索我們的數(shù)據(jù)并識別任何不需要的變異來源搞隐。然后我們需要對數(shù)據(jù)進行歸一化驹愚，執(zhí)行方差...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)如何處理線粒體基因什么是線粒體基因 線粒體是參與細胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細胞器之一。線粒體基因在大多數(shù)細胞中表達劣纲，其表達水平是細胞類型特異性的逢捺。也就是說這個也是和...
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從Scanpy的Anndata對象提取信息（適用于單細胞轉(zhuǎn)錄組且涉及h5文件讀寫）為什么要轉(zhuǎn)格式目前使用最為廣泛的2個單細胞分析的軟件包是基于R語言的Seurat和基于Python的Scanpy。Seurat的分析對象是一個S...
