5篇文章 · 2107字 · 9人關注
-
【ATAC-Seq 實戰(zhàn)】五、peaks输莺、motif注釋這里是佳奧！新的一年裸诽，ATAC-Seq的學習也進入了尾聲嫂用。 讓我們開始吧！ 1 peaks注釋 統(tǒng)計peak在promoter丈冬，exon嘱函，int...
-
【ATAC-Seq 實戰(zhàn)】四、計算插入片段長度殷蛇，F(xiàn)RiP实夹，IDR值與deeptools可視化這里是佳奧！ 2022年的最后一天粒梦，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學習亮航！ 1 計算插入片段長度 非冗余非線粒體能夠比對的fragment、比對率匀们、...
-
【ATAC-Seq 實戰(zhàn)】三缴淋、比對與Peaks Calling這里是佳奧！我們繼續(xù)clean數(shù)據(jù)的比對泄朴。 1 使用bowtie2進行比對 用bowtie2進行比對和統(tǒng)計比對率, 需要提前下載參考基因組然后使...
-
【ATAC-Seq 實戰(zhàn)】二重抖、分析環(huán)境搭建及原始數(shù)據(jù)處理
這里是佳奧！ 讓我們從配置環(huán)境開始吧祖灰！ 1 Linux環(huán)境 2 R環(huán)境 3 下載sra數(shù)據(jù) 組織好項目 批量下載 4 轉化為fastq 5 fa...
-
【ATAC-Seq 實戰(zhàn)】一钟沛、分析流程
這里是佳奧！我們又開始了新的分析流程學習局扶。 與ChIP-Seq相似恨统，ATAC-Seq也是通過染色質片段來進行表觀相關的分析。 我們先來看一下分析...