得到高質(zhì)量分箱以后，可以使用 GTDB-tk 對(duì)物種基于進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行分類學(xué)注釋。 GTDB 物種分類數(shù)據(jù)庫(kù) GTDB (Genome Taxon...

分箱結(jié)果可以使用 checkM 檢查完整性和污染度。 checkM 基于數(shù)據(jù)庫(kù)中構(gòu)建好的單拷貝基因集和進(jìn)化樹，將bin定位到進(jìn)化樹中找到參考物種...

分箱-binning 宏基因組分箱是指從宏基因組數(shù)據(jù)中將不同物種的序列分離，將來自同一菌種的序列聚類袍冷，得到單個(gè)菌株的數(shù)據(jù)。分箱的對(duì)象可以是rea...

使用 DESeq2 進(jìn)行差異基因分析猫牡，輸入數(shù)據(jù)為 gene count 矩陣文件和樣品分組信息表胡诗。 差異基因分析 輸出結(jié)果：unigenens....

eggnog注釋 使用在線版 eggnog-mapper 進(jìn)行 eggnog 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。 eggnong數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為evolutionary ...

由于原核生物編碼基因不包含內(nèi)含子亩进，由連續(xù)的編碼區(qū)構(gòu)成開放閱讀框（ORF）症虑，編碼區(qū)具有容易辨別的序列特征，基因預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性較高归薛。 prokka 和 ...

宏基因組組裝 基因組組裝谍憔，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列（contig），再根據(jù)PE或者long reads等比對(duì)關(guān)系將contig拼接成s...