大家都知道高通量測(cè)序，那你知道測(cè)序的接頭是如何加上去的嗎睁蕾？
如上圖所示大致步驟如下：
用酶或者激光或者超聲波將Genomic DNA或者由RNA反轉(zhuǎn)組得到的雙鏈cDNA打斷成小片段动雹；
打斷是隨機(jī)打斷塞琼，有可能末端不平整叠洗，還需要用酶補(bǔ)平；
補(bǔ)平之后呛凶，需要在3’端加A堿基男娄；
加上A之后，再加adapter漾稀。
涉及的基本概念
1模闲、adapter
接頭，為一段已知的短核苷酸序列崭捍，用于鏈接未知的目標(biāo)測(cè)序片段
2尸折、index或barcode
幾個(gè)堿基組成的寡核苷酸鏈，用于在混合測(cè)序時(shí)殷蛇，區(qū)分不同樣本
3实夹、insert
待測(cè)序的目標(biāo)序列橄浓，位于兩個(gè)adapter之間
測(cè)序片段包括幾個(gè)部分：universal_adapter-insert-indexed_adapter
測(cè)序由5'端開(kāi)始，最開(kāi)始的幾個(gè)堿基無(wú)法測(cè)得亮航，第一個(gè)adapter在數(shù)據(jù)輸出時(shí)去除荸实，由于測(cè)序讀長(zhǎng)的限制，第二個(gè)adapter通常測(cè)不到塞赂。
但是如果插入片段本身較短泪勒，測(cè)序會(huì)測(cè)穿昼蛀，即會(huì)得到 insert-部分adapter 這樣的read宴猾，這里的adapter便是我們常常提到的需要去除的接頭部分。
序列信息
1叼旋、接頭序列（示例）
universal adapter:
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’
indexed adapter:
5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(barcode)ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’
仔細(xì)看上面這對(duì)接頭序列仇哆，universal adapter的3'末端的T與待測(cè)片段新增的A配對(duì)，那么剩余序列的反向互補(bǔ)鏈為
GATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT
與 indexed adapter 的前面12個(gè)堿基一致
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC夫植，即兩段接頭序列部分互補(bǔ)讹剔，形成Y型的結(jié)構(gòu)。
2详民、index序列
可根據(jù)fastq序列中的信息獲取
@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:2458 1:N:0:CGATGT
fastq的格式信息不再贅述延欠，第一行最末的 CGATGT 即本次測(cè)序所使用的index。
