序列比對(duì)和序列特征分析總目錄
蛋白質(zhì)具有多種生物學(xué)功能盔夜，具體可參照《生物化學(xué)》。蛋白質(zhì)若發(fā)揮生物學(xué)功能呼股，須以空間結(jié)構(gòu)形式。而蛋白質(zhì)多肽鏈一旦合成画恰，即可在其他物質(zhì)協(xié)助下卖怜，自然折疊，形成一定的空間構(gòu)象阐枣。
- 1 如果兩種蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)相似马靠，那么其空間結(jié)構(gòu)和功能也相似，也有例外蔼两。
- 2 分子進(jìn)化角度甩鳄，來自不同種屬生物體的同一功能的蛋白質(zhì)，進(jìn)化位置距離 越近额划，那么他們一級(jí)結(jié)構(gòu)的差別越小妙啃。
因?yàn)榈鞍踪|(zhì)的空間結(jié)構(gòu)是發(fā)揮功能的基礎(chǔ)，凡是能影響蛋白質(zhì)構(gòu)象的物化和生物因素等俊戳，均可影響其功能揖赴。
蛋白質(zhì)所具有的生物學(xué)功能常與一些特殊的結(jié)構(gòu)有關(guān)，如特定的基序（又叫模體抑胎，motif）和結(jié)構(gòu)域（domain）燥滑。具有相同基序或結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)可歸為一大類，叫超家族（super family）阿逃。
依照蛋白質(zhì)序列特征進(jìn)行功能預(yù)測铭拧，主要有以下幾種方法：
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1 基于蛋白質(zhì)基序
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2 基于結(jié)構(gòu)域
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3 基于同源性搜索
基于蛋白質(zhì)motif
motif是指與蛋白質(zhì)特定功能相關(guān)，具有特定的氨基酸排列順序的片段恃锉。如鋅指結(jié)構(gòu)
數(shù)據(jù)庫PROSITE：Database of protein domains, families and functional sites
截止今天搀菩，20190202，PROSITE contains 1821 documentation entries, 1310 patterns, 1232 profiles and 1256 ProRule.
PROSITE
PROSITE可以做什么
可以通過蛋白的UniProtKB中的ID破托，PDB ID或FASTA格式的蛋白質(zhì)序列在PROSITE中搜索肪跋，判斷該序列包含的功能位點(diǎn)，從而推測其可能屬于哪個(gè)蛋白質(zhì)家族土砂。
還是以HGFAC為例州既，其UniProtKB ID 為Q04756
結(jié)果1
結(jié)果2
