根據(jù)染色體提取vcf中的信息:
bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_22.gz -O z
解釋:
提取金標(biāo)準(zhǔn)變異NA12878.vcf.gz中20烘浦、21和22染色體的變異刑顺,保存到NA12878.vcf.chr20_22.gz文件中
-O z:表示使用壓縮形式保存文件
提取之后的文件作為其它軟件輸入時(shí)經(jīng)常需要索引,可按如下建立索引:
bcftools index -t NA12878.vcf.chr20_22.gz
解釋:
-t:產(chǎn)生TBI格式的索引(如果沒有-t選項(xiàng)做个,默認(rèn)會(huì)產(chǎn)生csi的索引)
命令結(jié)束后會(huì)產(chǎn)生NA12878.vcf.chr20_22.gz.tbi的索引文件
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