key words: pathogen genetics epidemiology
近幾年發(fā)的不少纤勒，且覆蓋方向很廣牢裳，做疫苗逢防，做機(jī)制，做純分析蒲讯，動(dòng)植物病原忘朝，還有噬菌體，宏基因組的都有伶椿，挑了一部分
ng 1. Atlas of group A streptococcal vaccine candidates compiled using large-scale comparative genomics
（比較基因組做groupA鏈球菌候選疫苗）
GroupA鏈球菌（GAS）現(xiàn)在還沒有人疫苗辜伟，測了全球2083株GAS氓侧。由于同源重組和附件基因的可塑性，全球GAS的多樣性非常高导狡。22個(gè)國家能有290個(gè)臨床相關(guān)的進(jìn)化群约巷，設(shè)計(jì)疫苗難度非常大。收集了曾研究過的抗體旱捧，逐一分析独郎，從28個(gè)抗體中找到15個(gè)不僅自然變異度低且覆蓋度廣的候選抗體。
ng 2. Frequent transmission of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage and positive selection for the EsxW Beijing variant in Vietnam
（北京系結(jié)核在越南的傳播和EsxW的正選擇壓力）
胡志明市的1635株結(jié)核和其他地區(qū)的3144株比較枚赡，發(fā)現(xiàn)L1系結(jié)核的長期潛伏感染氓癌，和北京系結(jié)核和L4系結(jié)核具有更大的burden。北京系結(jié)核在多個(gè)國家之間頻繁轉(zhuǎn)移贫橙，并且比L1系傳播的更厲害贪婉。進(jìn)化壓力分析發(fā)現(xiàn)ESX-5 type VII-secreted protein EsxW在北京系中受到的選擇更強(qiáng)，可能是導(dǎo)致傳播能力強(qiáng)的原因卢肃。
方法：2008年12月-2011年7月間2091名越南人入組疲迂。入組標(biāo)準(zhǔn)是：18歲以上，HIV陰性莫湘，痰涂片陽性肺結(jié)核尤蒿。過濾掉的是：18歲以下，HIV陽性幅垮，懷孕的腰池，有抗結(jié)核治療史的。
具體分析方法可以仔細(xì)看忙芒，還沒看示弓。
ng 3. Integrated analysis of population genomics, transcriptomics and virulence provides novel insights into Streptococcus pyogenes pathogenesis
（整合群體基因組，轉(zhuǎn)錄組和毒力研究化膿性鏈球菌的致病機(jī)制）
測了2101株emm28化膿鏈球菌呵萨，根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育選了492個(gè)不同的菌做轉(zhuǎn)錄組避乏，又選了50個(gè)做毒力評(píng)價(jià)。用了GWAS甘桑，eQTL，機(jī)器學(xué)習(xí)歹叮，和isogenic mutant strains整合分析跑杭，最終發(fā)現(xiàn)了一個(gè)單堿基的基因間區(qū)的indel，導(dǎo)致了全球表達(dá)譜的不同咆耿，并導(dǎo)致最終毒力不同德谅。
方法：1991-2016年，26年的北美和歐洲6個(gè)國家的2101株GAS都拿來測序萨螺，平均測序深度是202×窄做。遺傳相關(guān)性的分析是基于核心基因上的SNP做的愧驱，因此去掉了移動(dòng)元件，噬菌體椭盏，整合共軛元件组砚。主要的GAS群體分布在2個(gè)大clade和4個(gè)小clade上（貝葉斯聚類）。掏颊。糟红。。往下是詳細(xì)結(jié)果乌叶。
ng 4. Adaptation of host transmission cycle during Clostridium difficile speciation
（艱難梭菌物種形成過程中宿主傳播周期的適應(yīng)性）
腸艱難梭菌在進(jìn)化盆偿。分析了906株菌，發(fā)現(xiàn)核心基因上的選擇壓力使得他們的菌種在進(jìn)化准浴，體現(xiàn)在孢子形成和糖代謝上事扭。對(duì)新的菌種功能驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)他們抗性更強(qiáng)乐横，葡萄糖或果糖存在的時(shí)候宿主定殖能力更強(qiáng)求橄。
nc 1. Population dynamics of an Escherichia coli ST131 lineage during recurrent urinary tract infection
（反復(fù)尿路感染的大腸桿菌動(dòng)態(tài)變化）
研究了一個(gè)1970年尿路感染的老太太，持續(xù)五年的大腸桿菌ST131動(dòng)態(tài)變化晰奖。發(fā)現(xiàn)P1A克隆與尿路感染和糞便定殖有關(guān)谈撒，P1A還具有多變的質(zhì)粒，導(dǎo)致頻繁治療后產(chǎn)生耐藥和對(duì)腸分離物敏感兩個(gè)特性并存匾南。（啥意思看不懂啃匿，總之是基因組分析發(fā)現(xiàn)外界壓力導(dǎo)致遺傳多態(tài)性）
nc 2. High-resolution micro-epidemiology of parasite spatial and temporal dynamics in a high malaria transmission setting in Kenya
研究瘧疾的空間和時(shí)間變化（傳播）。主要分析倆基因csp和ama1蛆楞。2013年4月到2014年7月溯乒，收了442個(gè)瘧疾兒童，442個(gè)對(duì)應(yīng)的control豹爹，以及兩組涉及到的家庭成員裆悄。三個(gè)原則評(píng)價(jià)遺傳相似性，sharing of parasite haplotypes on binary and proportional scales and the L1 norm臂聋。瘧疾兒童跟他們家庭成員的基因型最像光稼。并且爆發(fā)情況下會(huì)出來獨(dú)特的分子特征。
這里的家庭成員指的是住在一個(gè)屋檐下的都算孩等。內(nèi)容不涉及實(shí)驗(yàn)艾君，但有特殊的多樣性計(jì)算算法。
nc 3. Dissecting the molecular evolution of fluoroquinolone-resistant Shigella sonnei
（志賀的氟喹諾酮耐藥分子進(jìn)化）
分析了近400個(gè)地方性和非地方性的志賀基因組肄方，目標(biāo)是研究耐氟喹諾酮的進(jìn)化冰垄。他認(rèn)為現(xiàn)存的抗性是單個(gè)克隆擴(kuò)張的結(jié)果。他們的結(jié)果是耐氟喹諾酮是由于后續(xù)積累的突變（gyrA-S83L, parC-S80I, and gyrA-D87G）造成了2007年南亞的抗性权她。這個(gè)克隆后續(xù)全球傳播虹茶，才到東南亞和歐洲逝薪。研究突變發(fā)現(xiàn)這個(gè)克隆隨著增加氧壓的應(yīng)激適應(yīng)逐漸固定突變變成優(yōu)勢群。體外實(shí)驗(yàn)還發(fā)現(xiàn)隨著敏感的部分逐漸失去競爭力蝴罪，志賀的抗性逐漸增強(qiáng)董济。
方法：早前先用70株發(fā)現(xiàn)了單個(gè)克隆的擴(kuò)張導(dǎo)致耐藥擴(kuò)散。這次是收集了全球411個(gè)志賀洲炊，包括256個(gè)現(xiàn)代菌感局。假設(shè)認(rèn)為南亞是氟喹諾酮抗性的發(fā)源地，所以優(yōu)先選擇了起源于南亞的菌株暂衡，或者優(yōu)先選擇了ciprofloxacin抗性變?nèi)酰ㄖ械瓤剐裕┑木暄ⅰ＿@種選擇方法勢必導(dǎo)致南亞志賀的代表菌株過多（確實(shí)如此），菌株年底跨了16年（1999-2014）狂巢。在這種采樣方法下撑毛，76%（313/411）的菌株表現(xiàn)出ciprofloxacin抗性（這就定義為FQr），最早的菌株是2008年的唧领。這種采樣方法使我們能夠精細(xì)的重構(gòu)FQr抗性進(jìn)化史藻雌。
nc 4. A hybrid sub-lineage of Listeria monocytogenes comprising hypervirulent isolates
（李斯特菌高毒分離株的雜種子系，標(biāo)題不懂怎么翻譯）
李斯特菌（Listeria monocytogenes斩个，Lm）是食源性的胯杭，是個(gè)高度異質(zhì)的物種，目前就有4個(gè)進(jìn)化完全不同的譜系受啥。取的是來自一次嚴(yán)重的山羊李斯特爆發(fā)的菌做个，是一種李斯特主要譜系HSL-II和血清4h混合的亞譜系。HSL-II菌是高毒力的滚局，有很強(qiáng)的器官定殖能力居暖。新型菌既有Lm毒力島（LIPI-1）也有截短的LIPI-2的，編碼鞘磷脂酶（SmcL）——一個(gè)腸道入侵和細(xì)菌異位的毒力因子藤肢，還含有一點(diǎn)從其他致病菌L. ivanovii來的不連續(xù)的染色質(zhì)片段太闺。HSL-II表現(xiàn)出獨(dú)特的wall teichoic acid (WTA) 結(jié)構(gòu)，能產(chǎn)生藥物抗性嘁圈，細(xì)菌入侵和毒性省骂。這種李斯特菌屬泛種毒力基因分離株的發(fā)現(xiàn)值得全球注意，研究Lm的超毒力譜系最住。
方法：NTSN冀宴，XYSN和15LG分別來自2011,2012和105年江蘇省山羊農(nóng)場的爆發(fā)株∥卵В患病的山羊表現(xiàn)為腦膜炎，步態(tài)異常甚疟，伴有嚴(yán)重的神經(jīng)系統(tǒng)癥狀仗岖，走路時(shí)會(huì)向一個(gè)方向盤旋逃延。頭部傾斜伴隨著不協(xié)調(diào)的運(yùn)動(dòng)，無法進(jìn)食和飲水轧拄。在將死階段揽祥，山羊口中流出粘稠的化膿唾液。尸檢發(fā)現(xiàn)山羊腦中均觀察到嚴(yán)重腦膜充血檩电。培養(yǎng)該菌拄丰，呈現(xiàn)革蘭氏陽性，過氧化氫酶陽性和氧化酶陰性俐末，無法利用D-甘露醇和D-木糖料按，但發(fā)酵了α-甲基Dmannoside。并且卓箫，沒有從L-鼠李糖（李斯特菌種的特征）產(chǎn)生酸载矿。菌落在血瓊脂平板上溶血，馬氏紅球菌在克里斯蒂-阿特金斯-蒙克-彼得森（CAMP）反應(yīng)中也呈陽性烹卒。用抗血清針進(jìn)行抗原凝集表明屬于血清群4闷盔。所有分離株均與抗血清的鞭毛H-A和H-B抗原反應(yīng)，但不與H-C抗原反應(yīng)旅急，說明具有不同的血清型逢勾，作者將它指定為4h∶晁保抗生素抗性表型顯示溺拱，除對(duì)克林霉素具有中等耐藥性外，對(duì)大多數(shù)抗生素敏感炎码。具有上述特征的鼠李糖陰性李斯特分離株（16E）也在2016年從山羊飼養(yǎng)場中分離出來盟迟。選擇了從疫情和環(huán)境中獲得的三個(gè)獨(dú)立的代表性分離株XYSN，15LG和16E潦闲，做全基因組分析攒菠。
nc 5. Genomic epidemiology of syphilis reveals independent emergence of macrolide resistance across multiple circulating lineages
（梅毒的基因組流行病學(xué)揭示跨越多個(gè)循環(huán)譜系的大環(huán)內(nèi)酯抗藥性是獨(dú)立出現(xiàn)的）
梅毒是梅毒螺旋體亞種。梅毒的一個(gè)譜系SS14正在擴(kuò)大歉闰，出現(xiàn)了一個(gè)大的耐阿奇霉素的分支辖众。測了梅毒螺旋體，用進(jìn)化分析梅毒在人群中的循環(huán)和敬。關(guān)聯(lián)耐大環(huán)內(nèi)脂類藥物的表現(xiàn)和SS14亞種的基因型凹炸，發(fā)現(xiàn)了耐藥型和敏感型同時(shí)傳播。
方法：UK樣本是倫敦的昼弟，臨床檢測有梅毒的病人啤它。US樣本是西雅圖的一個(gè)研究收的人群，包括21個(gè)病人和38個(gè)對(duì)照。
nc 6. The phylogeography and incidence of multi-drug resistant typhoid fever in sub-Saharan Africa
（非洲撒哈拉以南的耐多藥傷寒進(jìn)化）
測2008-2015年間撒哈拉以南非洲國家的249株傷寒变骡，加上全球的2057株的數(shù)據(jù)离赫。主要分成三個(gè)基因型，4.3.1塌碌、3.1.1和2.3.2渊胸。前倆分別出現(xiàn)在非洲東部和西部。耐多藥型還分布在很多物種台妆。耐多藥傷寒主要是在傷寒多發(fā)地翎猛，尤其是在15歲以下的兒童身上。
樣品沒啥特殊選擇
nc 7. Networks of genetic similarity reveal non-neutral processes shape strain structure in Plasmodium falciparum
（遺傳相似性分析揭示非中性進(jìn)化過程影響惡性瘧原蟲遺傳結(jié)構(gòu)）
理論基礎(chǔ)：病原體通過對(duì)抗體免疫反應(yīng)產(chǎn)生交叉保護(hù)來競爭宿主接剩。瘧疾的var多基因家族編碼了PfEMP1蛋白切厘，通過同源重組和突變基因組改變非常大。每個(gè)基因組都有50-60個(gè)var基因搂漠，尚不清楚免疫選擇是否是改變遺傳結(jié)構(gòu)的主要驅(qū)動(dòng)力迂卢。但現(xiàn)有的研究非中性研究算法都需要對(duì)比中性研究算法。作者構(gòu)建了兩個(gè)中性模型桐汤，考慮了瘧疾流行病學(xué)而克，但沒考慮種間競爭。
nc 8. Horizontal antimicrobial resistance transfer drives epidemics of multiple Shigella species
（耐藥基因水平轉(zhuǎn)移驅(qū)動(dòng)了多種志賀的流行）
研究了男性×男性造成耐藥志賀的流行怔毛≡逼迹基因組流行病學(xué)發(fā)現(xiàn)單個(gè)AMR質(zhì)粒在志賀氏菌直接頻繁水平轉(zhuǎn)移增強(qiáng)了新的流行，這種流行比垂直轉(zhuǎn)移來的更嚴(yán)重拣度，擴(kuò)散更快碎绎。
方法：男性患者，旅行經(jīng)歷不多或者旅行經(jīng)歷患病性極低（總之不會(huì)通過其他途徑患部构）筋帖，16-60歲。Interviews包括標(biāo)準(zhǔn)問卷調(diào)查研究旅行史冤馏，和患病確診前一個(gè)月內(nèi)的性接觸日麸。
