Code
之前一直用vlookup做垂直查找，直到后來接觸了測序數(shù)據(jù)...動輒一個excel幾十兆灰粮，丐版的MBPvlookup經(jīng)常就卡死了忍坷；后來用R的left_join，但還是感覺不方便佩研，先要讀進去，還要保證colname一致...最后忍不了了嘉抒，直接一頓尋找袍暴，找到了用awk直接對倆文件進行vlookup。
代碼如下：
shawnwx@bogon tep$ awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}' file_query file_source >output.xls
可以寫成awk script然后alias重命名岗宣，當(dāng)然也可以添加到環(huán)境變量淋样。
# 新建一個awk script
vim vlookup.awk
# 按I進入編輯模式，把下面代碼粘貼進去趁猴。然后按ESC，按: wq.
NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}
# 重命名成一個簡短的vlkup
alias vlkup="awk -f vlookup.awk"
# 現(xiàn)在就可以直接使用vlkup
vlkup file_query file_source > output.xls
# 寫入環(huán)境變量（mac）,一般會把常用的腳本放到一個專門的路徑下娱挨，比如我的在~/aliascode
open ~/.bash_profile
# 將下面代碼寫入保存
alias vlkup="awk -f ~/aliascode/vlookup.awk"
source ~/.bash_profile
# =====================done======================
解讀
在awk里捕犬，NR和FNR的含義相近，唯一的區(qū)別就是作用范圍柴钻，NR是所有讀取的行信息計數(shù)垢粮，而FNR是正在讀取文件的行信息技術(shù)，F(xiàn)NR在文件切換時會從0重新開始計數(shù)蜡吧，所以上述語句的意思是：
NR==FNR在判斷是不是在讀a.txt，如果是a.txt則以第一個數(shù)據(jù)項為key绍些，以整行信息為數(shù)據(jù)組成數(shù)組耀鸦；
NR>FNR則判斷是不是在讀b.txt，因為此時NR=（a.txt的總行數(shù)+FNR）氮帐，如果是洛姑，則判斷第一個數(shù)據(jù)項在不在a.txt數(shù)據(jù)組成的數(shù)組里，如果在楞艾，則打印本行加數(shù)組項龄广。
例子：
o@t /tmp $ cat a.txt
1 abc
2 def
3 ghi
4 jlm
o@t /tmp $ cat b.txt
3 shit
1 rubb
o@t /tmp $ awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\n"a[$1]}' a.txt b.txt
3 shit
Reference:
補充
當(dāng)時用這個時候最后還返回了A的择同？第一列净宵，其實沒有這個必要，最后改了一下
NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0}
直接print出找到的择葡。因為有一次出來居然換行了，我這里是Tab分割的阻星，也木有用換行符呀虹曙。看來還是要深入學(xué)習(xí)一下
March 7, 2019補充
今天要合數(shù)據(jù)酝碳，想著批量做vlk疏哗，但發(fā)現(xiàn)之前寫的這個并不合適，因為之前只返回找到的值返奉，對沒有匹配的值實際上想返回NA所以重新寫了如下：
NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print a[$0]; else print $1"\t""NA""\t""NA""\t""NA"}
# 前面如何判斷就不說了，就說后面返回雷逆，$1在a里面污尉，則打印a這一樣，如果不在則返回$1\tNA\tNA\tNA 使用方法還是和之前一樣
# awk -f vlkupV1.awk data.file ID.file >output.file,然后又做了個叫vlk的快捷命令
alias vlk="awk -f ~/aliascode/vlkupV1.awk"
vim ~/.bashrc
# vlookup for return in "NA" for "else" condition
alias vlk="awk -f ~/aliascode/vlkupV1.awk"
:wq
后面應(yīng)該還會有補充....不斷完善匯中慢慢學(xué)習(xí)..
