Mapman-完全上手指南-Part_2（Mapman系列之四）
系列之三推完之后球及，即是到校之時(shí)醒第。從此便沒(méi)有太多時(shí)間推進(jìn)教程系列。不過(guò)似乎還是有幾位朋友在等更新棚饵。索性语稠，今晚睡覺(jué)前寫一個(gè)（心在是23點(diǎn)….）摹闽。
在上一篇推送中懈玻，具體介紹了Mapman三個(gè)主要的數(shù)據(jù)信息二庵，其中有兩個(gè)從某種程度來(lái)說(shuō) 必須是自己準(zhǔn)備的。
既然數(shù)據(jù)準(zhǔn)備好越走，那么本推就主要介紹數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和基本的操作棚品，或者說(shuō)可視化。
導(dǎo)入Mapping文件
導(dǎo)入實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
隨后弥姻，我們需要導(dǎo)入實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。正如前面的推送中說(shuō)到的掺涛，輸入的數(shù)據(jù)庭敦，可以是基因的log2FoldChang信息，也可以是基因的表達(dá)量矩陣薪缆，如RPKM秧廉，F(xiàn)PKM等矩陣。
同樣拣帽，建議導(dǎo)入數(shù)據(jù)前疼电，文件保存為.txt 后綴的 文本文件。
如果非常不確定自己的文件是什么格式的話减拭，那么:
- 打開Excel
- 將文件拖進(jìn)去Excel中（任何詢問(wèn)蔽豺，直接點(diǎn)確定）
- 左上角，文件另存為
- 彈出的對(duì)話框拧粪，選擇 文本（制表符分隔）
- 文件名修陡，后綴直接給.txt，如Exp.tab.txt
具體可參考下圖
如此可霎，文件格式和文件名后綴均調(diào)整OK魄鸦。那么，右鍵Experiment癣朗，隨后選擇Add Data拾因，在彈出的對(duì)話框中，選擇剛才保存的數(shù)據(jù)文件
將實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)展示在通路上
剛才導(dǎo)入的數(shù)據(jù)，其實(shí)是Case-Control實(shí)驗(yàn)的分析結(jié)果绢记，一個(gè)Log2FC矩陣扁达，只有兩列，即基因ID和Log2FC值庭惜，這個(gè)可以是全部被檢驗(yàn)的基因的罩驻，也可以只放差異表達(dá)部分，具體看自己需要护赊，對(duì)結(jié)果基本沒(méi)影響惠遏。
在彈出的對(duì)話框中，選擇對(duì)應(yīng)的Mapping文件骏啰，也就是我們上面導(dǎo)入的那個(gè)节吮，
點(diǎn)擊對(duì)應(yīng)的熱圖可以直接查看到對(duì)應(yīng)的基因ID，和具體一些數(shù)值信息判耕。圖片中透绩，負(fù)值反而是紅色，不符合常用配色壁熄≈愫溃可以直接在菜單欄修改
在熱圖方框上，鼠標(biāo)懸停（也就是稍微靜止在上面一小會(huì)）草丧，那么會(huì)出現(xiàn)對(duì)應(yīng)BIN的功能信息狸臣。摁F2可以固定窗口
直接在圖片任一地方，鼠標(biāo)右鍵菜單昌执，其中有一項(xiàng)Switch Edit ModeOn烛亦，開啟這個(gè)就進(jìn)入編輯模式，比如可以移動(dòng)一些方框
換一個(gè)圖更直接一些
變成
或者
變成
移動(dòng)完成后懂拾，鼠標(biāo)右鍵煤禽，Switch Off.. 即可回歸映射分析模式。
而直接在熱圖方框上鼠標(biāo)右鍵岖赋，會(huì)出現(xiàn)類似的菜單欄檬果，不過(guò)可以做一些另外的調(diào)整，比如
完成所有調(diào)整之后唐断，菜單欄File汁汗，點(diǎn)擊并選擇Export as image，即可導(dǎo)出圖片
注意栗涂，設(shè)定分辨率知牌，雖然感覺(jué)上…似乎有些圖片格式（如jpg），似乎并沒(méi)有分辨率的概念斤程。
導(dǎo)入表達(dá)量矩陣
類似的操作角寸，我們可以直接導(dǎo)入一個(gè)表達(dá)量矩陣菩混，這個(gè)矩陣包括了所有基因在所有樣本中的表達(dá)量
鼠標(biāo)右鍵，圖片扁藕，選擇Options沮峡，我們也可以調(diào)整為柱形圖
柱形圖其實(shí)….感覺(jué)上并沒(méi)有太多意義，一般可以用折線圖同時(shí)展示多組數(shù)據(jù)亿柑，
對(duì)于折線圖邢疙，如果是時(shí)間序列的數(shù)據(jù)，可能非常有用望薄。
右鍵折線圖疟游，Show Details，可查看具體基因的表達(dá)趨勢(shì)
比較兩個(gè)樣本在泛素化和自噬相關(guān)通路的基因表達(dá)變化情況
痕支、
就到這里
嗯颁虐，沒(méi)想到，大體寫一寫卧须，還是花了個(gè)把鐘頭另绩。希望對(duì)不了解Mapman使用的朋友，有點(diǎn)幫助吧笋籽。具體容劳，還是需要自行沉下來(lái)看看，畢竟Mapman主要還是一個(gè)分析工具（包括了不錯(cuò)的數(shù)據(jù)庫(kù)）蚜印，而似乎不是一個(gè)優(yōu)秀的出圖軟件，雖然圖片還是很不錯(cuò)的窄赋。
后續(xù)如果再有更新哟冬，大概是兩個(gè)推送
- 一些隱藏操作忆绰，或者不常用操作
- 制作自己的 Pathways圖片纸淮，用于Mapman展示（這個(gè)或許更有用）
參與討論交流
掃碼添加 我的個(gè)人微信
如果要直接向我提問(wèn)，那么請(qǐng)掃碼加入我的 知識(shí)星球扣墩，發(fā)帖交流盲泛，生信相關(guān)村视，TBtools相關(guān)的學(xué)習(xí)討論沉淀
掃碼關(guān)注质况，微信公眾號(hào) 生信札記
掃碼加入（如果正好清理了人有名額的話） 純粹的生物信息交流群，bioinformatics*中國(guó) QQ大群 （276151571）
?
