1. 基本步驟
- 數(shù)據(jù)輸入和清洗
- 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測
- 量化模塊和樣本性狀的關(guān)系
- 挑出感興趣模塊內(nèi)部的基因
- 可視化TOM矩陣
- 將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出到外部數(shù)據(jù)進行可視化
2. 加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的類型
- signed or unsigned
- 一般使用 unsigned新锈，因為不論是正相關(guān)還是負(fù)相關(guān)都是我們所關(guān)心的缠借，但對于特殊的生物學(xué)故事可能需要使用 signed
- 目前據(jù)我所知使用以下函數(shù)時需要設(shè)置加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)類型（默認(rèn)是 unsigned）
pickSoftThreshold()blockwiseModules()adjacency()TOMsimilarityFromExpr()TOMsimilarity()
3. 注意事項
- 樣本數(shù)建議不少于 15
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