今天想記錄一個(gè)bug蛮浑，先前的項(xiàng)目從來(lái)沒(méi)出問(wèn)題的，這次突然好幾個(gè)項(xiàng)目都卡在了這一步。
這是GATK中的一步唬复，報(bào)錯(cuò)信息如下：
運(yùn)行的命令是：
java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log
解決的辦法是：添加了一個(gè)參數(shù)--filter_bases_not_stored
命令改為
java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log --filter_bases_not_stored
就可以了矗积。
原因我也不太清楚全肮，先前一直沒(méi)有問(wèn)題，而且有的能跑出結(jié)果棘捣，有的就報(bào)錯(cuò)辜腺。可能最近在調(diào)試GATK4 乍恐，導(dǎo)致軟件的各種版本评疗，很亂
