影響因子：8.78
小編一直覺(jué)得單基因泛癌的文章進(jìn)可攻（純生信發(fā)文）退可守（補(bǔ)實(shí)驗(yàn)）妆距。小編已經(jīng)有不少客戶發(fā)了單基因生信文章后折柠，開(kāi)始做實(shí)驗(yàn)進(jìn)行深入研究鹊奖，后續(xù)可以繼續(xù)發(fā)文章寫基金吠裆。比較老的客戶已經(jīng)成功拿到經(jīng)費(fèi)渐逃。
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研究概述：
JMJD8被認(rèn)為是一種與癌癥相關(guān)的基因，但目前的研究有限茄菊。本文旨在闡明其在泛癌中的作用和潛在機(jī)制疯潭。本研究應(yīng)用泛癌批量測(cè)序數(shù)據(jù)和在線網(wǎng)絡(luò)工具分析JMJD8與預(yù)后赊堪、基因組不穩(wěn)定性、癌干性竖哩、DNA修復(fù)和免疫浸潤(rùn)的相關(guān)性哭廉。此外，利用單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相叁、SpatialDB數(shù)據(jù)庫(kù)和多次熒光染色驗(yàn)證了JMJD8表達(dá)與M2巨噬細(xì)胞之間的相關(guān)性遵绰。進(jìn)一步利用ROCplotter和cMap web工具分別分析治療反應(yīng)和篩選JMJD8靶向化合物，并利用AlphaFold2和Discovery Studio進(jìn)行JMJD8同源性建模和分子對(duì)接增淹。本研究將揭示JMJD8在泛癌中的作用及其作為一種新的治療靶點(diǎn)的潛力椿访。
研究流程圖：
研究結(jié)果：
一、JMJD8在泛癌中存在差異表達(dá)虑润，可預(yù)測(cè)患者的生存
1成玫、在OpenTarget上對(duì)JMJD8相關(guān)疾病進(jìn)行探索發(fā)現(xiàn)JMJD8主要與非小肺癌相關(guān)（圖2A）
2、JMJD8 mRNA在11種癌癥類型（BRCA拳喻、CHOL哭当、COAD等）中顯著上調(diào)，在CESC冗澈，KICH钦勘，KIRC，和THCA中顯著下調(diào)（圖2B）亚亲。
3彻采、GEPIA2.0結(jié)果顯示，癌癥中JMJD8 mRNA在DLBC朵栖、THYM颊亮、LGG和PAAD中高表達(dá)柴梆，而在TGCT和UCS中表達(dá)較低陨溅。此外，JMJD8與ESCA绍在、PAAD门扇、THCA的高分期呈負(fù)相關(guān)，UALCAN結(jié)果顯示偿渡，JMJD8蛋白在BRCA臼寄、UCEC和GBM的癌癥中表達(dá)上調(diào)，而在LIHC和HNSC中表達(dá)下調(diào)（圖2C-E）
4溜宽、JMJD8與ESCA吉拳、PCPG、THYM适揉、PRAD和SARC中較高的OS留攒、PCPG中較高的DSS以及SARC和THYM中PFI的延伸相關(guān)（圖2F）
二煤惩、JMJD8基因在泛癌中變化，與癌變的基因組不穩(wěn)定性相關(guān)
1炼邀、泛CNV和SNV分析發(fā)現(xiàn)高JMJD8放大BRCA和彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤和UCS魄揉，而高SNV率沒(méi)有被觀察到（圖3A-B）。
2拭宁、高JMJD8 CNV組患者在AML洛退、KIRC、COADREAD和LIHC中的生存率較高杰标，而在UCEC兵怯、BRCA（HER2）、HNSC（HPV+）和PADD中的生存率較低（圖3C）腔剂。
3摇零、JMJD8在2種癌癥（LGG和UCEC）中與TMB呈正相關(guān)，在7種癌癥（COAD桶蝎、KICH驻仅、KIRC、LIHC登渣、LUSC噪服、TGCT和UCEC）中與MSI呈正相關(guān)。它在6種癌癥（BRCA胜茧、CESC粘优、LUAD、PCPG呻顽、PRAD和THCA）中與TMB呈負(fù)相關(guān)雹顺，而僅在BRCA和SARC中與MSI呈負(fù)相關(guān)。在HRD方面廊遍，JMJD8在BRCA中呈負(fù)相關(guān)嬉愧，而在THCA和HNSC中呈正相關(guān)。對(duì)于非整倍體喉前，JMJD8在3種癌癥（ESCA没酣、HNSC和UVM）中與之呈正相關(guān)，與7種癌癥（TGCT卵迂、UCEC裕便、KICH、SARC见咒、KIRC偿衰、KIPAN和BRCA）呈負(fù)相關(guān)（圖3D-E）
4、5種癌癥（BRCA、LUAD下翎、PRAD囱嫩、CESC、STAD）顯示新抗原與JMJD8表達(dá)呈負(fù)相關(guān)漏设，只有KIRP呈正相關(guān)墨闲。（圖3F）
以上結(jié)果提示JMJD8是BRCA和LUAD基因組穩(wěn)定性的潛在生物標(biāo)志物。
三郑口、JMJD8與癌癥DNA修復(fù)鸳碧、腫瘤干性和甲基化相關(guān)
1、JMJD8在大多數(shù)癌癥中與多個(gè)MMR基因呈正相關(guān)犬性，JMJD8在OV中獲得了很強(qiáng)的相關(guān)性瞻离，在TGCT、KIRP和KIPAN中乒裆，它們表現(xiàn)出負(fù)相關(guān)性套利，9種癌癥的干性與JMJD8呈正相關(guān)，在HRR特征方面也表現(xiàn)出一致的趨勢(shì)（圖4A-C）
2鹤耍、JMJD8在BRCA和其他4種癌癥（MESO肉迫、PRAD、SKCM稿黄、THYM）中與甲基轉(zhuǎn)移酶呈顯著的負(fù)相關(guān)喊衫。相反，它們?cè)?9種癌癥中表現(xiàn)出正相關(guān)杆怕。（圖4D）
3族购、JMJD8啟動(dòng)子甲基化與CTL浸潤(rùn)呈正相關(guān)；JMJD8啟動(dòng)子甲基化與CTL浸潤(rùn)相關(guān)陵珍，并預(yù)測(cè)了三種BRCA亞型和MESO的生存時(shí)間延長(zhǎng)寝杖。（圖4E-F）
4、高JMJD8與大多數(shù)RNA調(diào)節(jié)基因相關(guān)互纯，包括m1A瑟幕、m5C和m6A，表明JMJD8參與了RNA修飾伟姐。（圖4G）
四收苏、差異表達(dá)的JMJD8選擇性剪接蛋白預(yù)測(cè)了患者的生存期
1、圖5A-B展示了泛癌中Intron_Retention_51257的剪接模式和PSI愤兵；LUSC和READ等癌癥顯示的PSI高于正常樣本。
2排吴、圖5C總結(jié)了腫瘤與正常/鄰近組織間PSI差異的統(tǒng)計(jì)學(xué)結(jié)果秆乳；高PSI預(yù)示著KIRC的OS和DSS較低，而MESO的OS較低（圖5C-D）
五、JMJD8參與了DNA修復(fù)屹堰、纖毛活性肛冶、代謝和免疫途徑
1、通過(guò)String web工具獲得了10個(gè)經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的交互蛋白扯键。在HNSC和GBM中睦袖，UALCAN在改變的SWI/SNF復(fù)合物、p53/rb相關(guān)通路和染色質(zhì)修飾狀態(tài)中升高荣刑，而在BRCA中表達(dá)較差（圖6A-B）
2馅笙、在GEPIA2.0數(shù)據(jù)庫(kù)中挑選出與JMJD8共表達(dá)排名前5的基因（C16ORF58、IFT140厉亏、ITFG3董习、PIGQ、WDR24）并且在大多數(shù)癌癥類型中與JMJD8具有較高的相關(guān)性爱只。（圖6C）
3皿淋、GO及KEGG分析顯示，JMJD8與多重細(xì)胞骨架和纖毛運(yùn)輸系統(tǒng)恬试、代謝窝趣、免疫活性等通路高度相關(guān)。（圖6D-E）
六训柴、JMJD8參與了癌癥免疫浸潤(rùn)和細(xì)胞因子介導(dǎo)的免疫調(diào)節(jié)
1高帖、JMJD8在許多癌癥中與ESTIMATEScore和免疫評(píng)分呈負(fù)相關(guān)；JMJD8免疫評(píng)分負(fù)相關(guān)的癌癥也與大多數(shù)免疫檢查點(diǎn)基因呈負(fù)相關(guān)畦粮。（圖7A-B）
2散址、JMJD8在10種癌癥中與免疫亞型顯著相關(guān)，并展示了前6種宣赔。（圖7C-D）
3预麸、JMJD8與幾種趨化因子（CXCL9、10儒将、11吏祸、12和13）、許多受體和免疫刺激劑呈負(fù)相關(guān)钩蚊。高JMJD8啟動(dòng)子甲基化與大多數(shù)免疫刺激劑呈正相關(guān)（圖7E）
4贡翘、在IFN-γ處理后，JMJD8的表達(dá)下降砰逻，而在一個(gè)IFN-β和一個(gè)TNF-α處理后的細(xì)胞系中鸣驱，JMJD8的表達(dá)也下降。（圖7F）
七蝠咆、JMJD8是M2巨噬細(xì)胞浸潤(rùn)的潛在標(biāo)志物
1踊东、利用CIBERSORT算法發(fā)現(xiàn)北滥，JMJD8與TGCT、BRCA和LGG中的M2巨噬細(xì)胞呈強(qiáng)正相關(guān)闸翅，與M1巨噬細(xì)胞和激活的CD4+記憶細(xì)胞呈負(fù)相關(guān)再芋。此外，在13種癌癥中坚冀，treg與JMJD8呈正相關(guān)(圖8A）
2济赎、在BLCA、HNSC记某、STAD司训、TGCT、UCEC和UVM中均觀察到浸潤(rùn)水平與JMJD8表達(dá)相關(guān)性辙纬』碓猓空間轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)SpatialDB獲得描述的空間重疊JMJD8和M2巨噬細(xì)胞生物標(biāo)志物CD68和CD163 BRCA和PRCA癌癥組織。（圖8B-C）
3贺拣、JMJD8在AEL蓖谢、BRCA、膠質(zhì)瘤譬涡、HNSC闪幽、LIHC、NSCLC涡匀、OV中均由M2巨噬細(xì)胞或惡性細(xì)胞表達(dá)盯腌。（圖8D-E）
4、在石蠟切片中進(jìn)行熒光染色分析發(fā)現(xiàn)陨瘩，JMJD8腕够、CD68和CD163染色的照片顯示它們?cè)?種癌癥中共同表達(dá)，JMJD8的熒光強(qiáng)度在THCA和TGCT鄰近組織中似乎更高（圖9A-I）舌劳。
4帚湘、在石蠟切片中進(jìn)行熒光染色分析發(fā)現(xiàn)，JMJD8甚淡、CD68和CD163染色的照片顯示它們?cè)?種癌癥中共同表達(dá)大诸，JMJD8的熒光強(qiáng)度在THCA和TGCT鄰近組織中似乎更高（圖9A-I）。
4贯卦、在石蠟切片中進(jìn)行熒光染色分析發(fā)現(xiàn)资柔，JMJD8、CD68和CD163染色的照片顯示它們?cè)?種癌癥中共同表達(dá)撵割，JMJD8的熒光強(qiáng)度在THCA和TGCT鄰近組織中似乎更高（圖9A-I）贿堰。
八、JMJD8與其他免疫抑制細(xì)胞相關(guān)睁枕，并與細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞功能障礙相關(guān)
1官边、TIMER2.0顯示JMJD8與Treg沸手、CAFs和MDSCs之間至少與兩種細(xì)胞類型呈正相關(guān)外遇，還顯示了在CESC注簿、COAD、HNSC跳仿、LUSC诡渴、PAAD和THYM中與JMJD8相關(guān)性最高的CAFs。（圖10A-B）
2菲语、在BRCA妄辩、HNSC、LUAD和SKCM中觀察到JMJD8與CD8+ T細(xì)胞呈負(fù)相關(guān)山上。TIDE web工具發(fā)現(xiàn)眼耀，在神經(jīng)母細(xì)胞瘤和BRCA中，T細(xì)胞功能障礙與JMJD8相關(guān)佩憾，而在BRCA中發(fā)現(xiàn)CTL與JMJD8呈負(fù)相關(guān)（圖10C-D）
九哮伟、JMJD8影響癌癥治療反應(yīng)和JMJD8靶向化合物的分子對(duì)接
1、ROCplotter數(shù)據(jù)結(jié)果顯示妄帘，在GBM中楞黄，JMJD8在化療后無(wú)應(yīng)答者中高表達(dá)，在BRCA中抡驼，抗HER2后鬼廓、化療和內(nèi)分泌治療的應(yīng)答者JMJD8表達(dá)更高。（圖11A）
2致盟、利用cMap工具在9種不同的腫瘤細(xì)胞系中篩選具有jmjd8靶向潛力的前30個(gè)化合物碎税。在RNAactDrug中尋找與JMJD8 mRNA表達(dá)相關(guān)的藥物。（圖11B-D）
3馏锡、在中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS）腫瘤細(xì)胞系中雷蹂，JMJD8高表達(dá)與GI高50對(duì)應(yīng)（圖11E）
4、對(duì)JMJD8蛋白進(jìn)行了同源性建模眷篇，并與潛在藥物進(jìn)行了分子對(duì)接發(fā)現(xiàn)萎河，XMD-1150和XMD-892未能與JMJD8對(duì)接，吉尼平和THM-I-94成功蕉饼，LibDockScore最高虐杯。（圖11F）
研究總結(jié):
本文首次發(fā)現(xiàn)JMJD8在許多癌癥類型中都是一個(gè)致癌基因。高JMJD8與低基因組穩(wěn)定性相關(guān)昧港。在9種以上的癌癥中擎椰，高JMJD8與高表達(dá)的錯(cuò)配修復(fù)基因、stemness创肥、同源修復(fù)基因达舒、免疫抑制相關(guān)值朋。此外，免疫檢查點(diǎn)CD276與JMJD8呈正相關(guān)巩搏。隨后昨登，文中還驗(yàn)證了JMJD8作為M2巨噬細(xì)胞標(biāo)志物，并顯示了其與其他免疫抑制細(xì)胞和CD8+ t細(xì)胞抑制的相關(guān)性贯底。最后丰辣，篩選出潛在的JMJD8靶向藥物，并與JMJD8蛋白對(duì)接禽捆。提示JMJD8是一種新的致癌基因笙什，它與免疫抑制和DNA修復(fù)相關(guān)，在許多癌癥中是M2巨噬細(xì)胞生物標(biāo)志物胚想。
