本想著寫(xiě)一篇介紹論文中各種類型圖表的推送漓拾，但是著筆介紹時(shí)又覺(jué)得不如一起繪圖吧倔韭！各類學(xué)術(shù)圖表都萬(wàn)變不離其宗贝奇，以圖的形式將處理后的數(shù)據(jù)展示出來(lái)（主要指的是數(shù)據(jù)展示圖航棱，還有實(shí)驗(yàn)拍攝圖和流程示意圖睡雇，這里就不講后面的兩種了）。

如果大家想要回看這個(gè)系列的內(nèi)容饮醇，可以在番茄隨筆公眾號(hào)的“好好學(xué)習(xí)”菜單→“現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣(mài)”欄目里找它抱。這個(gè)專欄主要參考《R語(yǔ)言·數(shù)據(jù)可視化之美·專業(yè)圖表繪制指南》（后續(xù)簡(jiǎn)稱為參考書(shū)），以及相關(guān)論壇朴艰、網(wǎng)頁(yè)的內(nèi)容观蓄，和大家共同學(xué)習(xí)。

我在寫(xiě)這篇的時(shí)候祠墅，還發(fā)現(xiàn)了自己去年挖的坑還沒(méi)填侮穿，就是【陪你學(xué)】《Next-Generation Sequencing Data Analysis》。哈哈饵隙，會(huì)慢慢填坑的撮珠。

圖1. 參考書(shū)封面

一沮脖、學(xué)術(shù)圖表簡(jiǎn)介

學(xué)術(shù)圖表包括數(shù)據(jù)展示圖金矛，實(shí)驗(yàn)拍攝圖和流程示意圖。

本專欄主要介紹數(shù)據(jù)展示圖勺届∈豢。可以使用Excel，GraphPad Prisn免姿，Origin饼酿，Python和R等繪制數(shù)據(jù)展示圖，并按照雜志等要求的分辨率和格式導(dǎo)出TIFF、EPS矢量圖故俐。

二想鹰、學(xué)術(shù)圖表作用

圖表在論文中的作用主要為：真實(shí)、準(zhǔn)確和全面地展示數(shù)據(jù)的本質(zhì)药版、關(guān)系和規(guī)律辑舷。

三、學(xué)術(shù)圖表類型

圖表的分類方法多種多樣槽片，本文根據(jù)數(shù)據(jù)著重表達(dá)的內(nèi)容何缓，將圖表分為六大類：類別比較，數(shù)據(jù)關(guān)系还栓，數(shù)據(jù)分布碌廓，時(shí)間序列，局部整體和地理空間剩盒。有些圖表也可以歸類于兩種或多種圖表類型谷婆。

1. 類別比較型：這類圖表的數(shù)據(jù)一般包含數(shù)值型和類別型兩種數(shù)據(jù)類型。比如柱形圖辽聊，X軸為類別型數(shù)據(jù)波材，Y軸為數(shù)值型數(shù)據(jù)。通常用以比較數(shù)據(jù)的規(guī)模身隐、程度廷区、大小等。

圖2.?類別比較型圖表（出自參考書(shū)）

2. 數(shù)據(jù)關(guān)系型：這類圖表又可分為數(shù)值關(guān)系贾铝、層次關(guān)系和網(wǎng)絡(luò)關(guān)系隙轻。

（1）數(shù)值關(guān)系型圖表：展示兩個(gè)或多個(gè)變量之間的關(guān)系，當(dāng)變量為1-3個(gè)時(shí)垢揩，可使用散點(diǎn)圖玖绿，氣泡圖，曲面圖叁巨，韋恩圖（表數(shù)值和相交關(guān)系）斑匪。變量多于3個(gè)時(shí)，使用矩陣散點(diǎn)圖锋勺，平行坐標(biāo)系蚀瘸，徑向坐標(biāo)圖，星形圖和切爾諾夫臉譜圖等庶橱。

（2）層次關(guān)系型圖表：表達(dá)個(gè)體之間的層次關(guān)系贮勃，比如包含和從屬關(guān)系。包括節(jié)點(diǎn)鏈接圖苏章，樹(shù)形圖寂嘉，冰柱圖奏瞬，旭日?qǐng)D，圓填充圖泉孩，矩形樹(shù)狀圖等硼端。

（3）網(wǎng)絡(luò)關(guān)系型圖表：非層次關(guān)系，它表達(dá)的數(shù)據(jù)關(guān)系更自由和復(fù)雜寓搬，比如上则颍基圖，和弦圖订咸，節(jié)點(diǎn)鏈接圖曼尊，弧長(zhǎng)鏈接圖，蜂箱圖等脏嚷。

圖3.?數(shù)值關(guān)系型圖表（出自參考書(shū)）

3. 數(shù)據(jù)分布型：這類圖表顯示數(shù)據(jù)集中的數(shù)值及其出現(xiàn)的頻率或分布規(guī)律骆撇，比如統(tǒng)計(jì)直方圖，箱形圖父叙，小提琴圖神郊，核密度曲線。一般用橫軸表示數(shù)據(jù)類型趾唱，縱軸為分布情況涌乳。

圖4.數(shù)據(jù)分布型圖表（出自參考書(shū)）

4. 時(shí)間序列型：強(qiáng)調(diào)數(shù)據(jù)隨時(shí)間的變化規(guī)律或趨勢(shì)。X軸為時(shí)序甜癞，Y軸為數(shù)值夕晓。比如折線圖，面積圖悠咱，雷達(dá)圖蒸辆，日歷圖，柱形圖析既。

圖5. 時(shí)間序列型圖表（出自參考書(shū)）

5. 局部整體型：可以顯示出局部組成成分與整體的占比信息躬贡，主要包括餅圖，堆積圖眼坏，旭日?qǐng)D等拂玻。

圖6. 局部整體型圖表（出自參考書(shū)）

6. 地理空間型：展示數(shù)據(jù)的精確位置和地理分布規(guī)律，比如等值區(qū)間地圖宰译，帶散點(diǎn)的地圖等檐蚜。

四、工具準(zhǔn)備

1. R的下載安裝

R 可以直接下載(https://cran.r-project.org/bin/windows/base/)囤屹，或在CRAN（https://cran.r-project.org/mirrors.html）下載熬甚。按照提示安裝逢渔。

2. RStudio的下載安裝

然后安裝RStudio (https://posit.co/)肋坚，RStudio是R的集成開(kāi)發(fā)環(huán)境 (IDE, Integrated Development Environment )，使得使用R變得更簡(jiǎn)單和高效。

3. R包的安裝

安裝好了RStudio智厌，再去安裝一些包(Package)就簡(jiǎn)單很多诲泌，可以在界面右下找到packages→install即可∠撑簦或者輸入>install.packages("ggplot2")敷扫。也可以如果安裝不成功一般是路徑問(wèn)題，依賴包沒(méi)有安裝诚卸，版本不兼容或鏡像源問(wèn)題葵第。

圖2. packages→install.gif

也可以直接從Github 或BitBucket 上下載安裝包，需要使用devtools 包來(lái)完成：devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")合溺。一般Github上會(huì)有安裝指導(dǎo)卒密。

圖3. Github頁(yè)面安裝指導(dǎo)。https://github.com/tidyverse/ggplot2