MG2C是一個(gè)很純粹的工具。沒(méi)有廣告砂客,沒(méi)有推廣泥张,不考慮任何利益,純屬業(yè)余愛(ài)好鞠值。
MG2C是一個(gè)很“膚淺”的工具媚创。打開(kāi)使用界面,參數(shù)彤恶、輸入和輸出都在一個(gè)界面钞钙,看一眼界面就相當(dāng)于看了使用教程鳄橘,一目了然。
MG2C是一個(gè)很意外的網(wǎng)頁(yè)工具芒炼。最初開(kāi)發(fā)1.0版是為了申請(qǐng)軟件著作權(quán)瘫怜、發(fā)篇文章,然后就沒(méi)然后了焕议,這或許就是終點(diǎn)了宝磨;后來(lái)由于使用者比較多,反饋也比較好盅安,就繼續(xù)維護(hù)添加新功能了唤锉;
MG2C是一個(gè)簡(jiǎn)單低配的工具。上線已5年多了别瞭,一臺(tái)淘汰的小電腦做服務(wù)器窿祥,一個(gè)支持Perl環(huán)境的iis6做操作環(huán)境,一個(gè)簡(jiǎn)單HTML頁(yè)面引用MG2C代碼做使用界面蝙寨,,外網(wǎng)訪問(wèn)通過(guò)花生殼的內(nèi)網(wǎng)映射晒衩,沒(méi)有數(shù)據(jù)庫(kù),沒(méi)有后臺(tái)管理頁(yè)面墙歪,這就是MG2C的全部了听系。
MG2C之前一直沒(méi)有正式的使用教程,主要是我認(rèn)為它不需要虹菲,看到使用界面靠胜,就相當(dāng)于看到教程了,參數(shù)有介紹毕源,輸入有介紹浪漠,輸出也有介紹,還需要更詳細(xì)嗎霎褐?按網(wǎng)友的反饋址愿,還真需要更直接、更正式的使用教程冻璃。那么下面就算是使用教程了响谓。
(1)軟件版本
目前一共有4個(gè)版本,1.0/1.1/2.0/2.1俱饿。其中1.0和1.1是中文版本歌粥,2.0和2.1是英文版本,論功能來(lái)說(shuō)拍埠,1.0最簡(jiǎn)單,1.1在1.0的基礎(chǔ)上增加了左側(cè)的刻度尺土居,同時(shí)調(diào)整了一下刻度尺參數(shù)枣购;2.0在1.1基礎(chǔ)上增加了圖譜顯示的樣式(由3個(gè)->5個(gè))嬉探,同時(shí)將中文變成了英文;2.1保持英文界面棉圈,增加了分子標(biāo)記的個(gè)性化展示涩堤。
(2)輸入數(shù)據(jù)
所有版本的數(shù)據(jù)輸入都需要兩個(gè)文件:基因信息文件和染色體信息文件。具體字段信息參考表1分瘾,字段與字段之間的分隔符是Tab胎围,換句簡(jiǎn)單的話來(lái)說(shuō),把數(shù)據(jù)在excel表格里整理德召,之后將數(shù)據(jù)復(fù)制粘貼到輸入框里就行了白魂。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖1. 輸入數(shù)據(jù)的展示。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?表1. 輸入數(shù)據(jù)的兩個(gè)文件包含的字段上岗,不同版本沒(méi)有大的變化福荸。
(3)軟件參數(shù)清單(共33個(gè)可調(diào)整參數(shù))
(4)輸出結(jié)果
準(zhǔn)備好數(shù)據(jù)之后,點(diǎn)Draw或畫圖就可以快速得到結(jié)果了肴掷。下面是用2.1版本的例子數(shù)據(jù)畫的圖譜敬锐。僅供參考。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖2 MG2C_2.1繪制的圖譜效果圖
(5) 結(jié)果下載
1.0呆瞻、1.1台夺、2.0的下載方式可能麻煩了點(diǎn),需要在here上點(diǎn)右鍵然后保存為svg痴脾;
2.1除了提供svg颤介,還提供jpeg/tiff/png格式的下載,這里只需要點(diǎn)擊左鍵就能下載明郭。
Svg格式的圖是矢量圖买窟,可以再次修改調(diào)整。
寫到這里薯定,感覺(jué)自己真的很懶始绍,2.1的下載方式就很好,代碼已經(jīng)調(diào)整成功话侄,為啥不把之前的版本也調(diào)整一下呢亏推?一個(gè)字懶!
后記:多數(shù)用戶只需關(guān)心能用就行年堆,對(duì)于繪圖算法流程則不用關(guān)心吞杭,因此把MG2C的算法執(zhí)行流程放在了最后,省得這部分內(nèi)容礙眼变丧。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖3. MG2C-算法流程
工具引用信息如下:
引用1: Jiangtao Chao#, Zhiyuan Li#, Yuhe Sun, Oluwaseun Olayemi Aluko, Xinru Wu, Qian Wang?and Guanshan Liu.(2021). MG2C: a user-friendly online tool for drawing genetic maps. Molecular Horticulture,1:16.
引用2:MapGene2Chrom基于Perl和SVG語(yǔ)言繪制基因物理圖譜. 晁江濤, 孔英珍, 王倩, 孫玉合, 龔達(dá)平, 呂婧, 劉貫山. 遺傳, 2015, 35(1): 91-97.
Chao Jiangtao, Kong, Yingzhen, Wang Qian, Sun Yuhe, Gong Daping, Lv Jing, Liu Guanshan*. (2015). Mapgene2chrom, a tool to draw gene physical map based on perl and svg languages. Hereditas, 37(1):91-97