pathway 建立在ko 數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上鹰椒，基于我們對(duì)生命活動(dòng)中的分子相互作用和化學(xué)物質(zhì)的反應(yīng)的認(rèn)識(shí)稍途，構(gòu)建了復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，采用通路圖的形式倘潜，進(jìn)行展示绷柒。
通路圖中融合了ko, module, compound, reaction，disease, drug 等 數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息涮因，所以必須先理解了上面的幾個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)废睦，才能對(duì)pathway 有一個(gè)更直觀的認(rèn)識(shí)。
在pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中养泡，每條pathway 的標(biāo)識(shí)符由2-4個(gè)字母的前綴加上5個(gè)數(shù)字構(gòu)成嗜湃，共有5種不同的前綴：
map
ko
ec
rn
org
5種前綴其實(shí)都是同一張通路圖奈应，只不過高亮顯示的內(nèi)容不同。
比如00020, 代表TCA 循環(huán)的通路
map 代表reference pathway购披，map00020 如下
ko 是在reference pathway 的基礎(chǔ)上杖挣，將所有的ko用藍(lán)色高亮顯示
ec 是在reference pathway 的基礎(chǔ)上，將酶編號(hào)高亮顯示
rn 是在reference pathway 的基礎(chǔ)上刚陡，將reaction 高亮顯示
在kegg 中惩妇，ko/ec/rn 是相互關(guān)聯(lián)的概念，所有3者都采用了同樣的高亮方式筐乳，用藍(lán)色進(jìn)行高亮
org 代表的是organisam 數(shù)據(jù)庫(kù)中物種的代碼歌殃，比如human 對(duì)應(yīng)的是hsa ,
hsa00020對(duì)應(yīng)的通路圖如下
由于KO是跨物種的概念，所以每個(gè)pathway 會(huì)對(duì)應(yīng)有多個(gè)物種蝙云。
從human的通路圖中氓皱，我們也可以看出來，只有部分方框用綠色高亮顯示勃刨。這部分綠色高亮像是的其實(shí)就是在該物種的基因?qū)?yīng)的ko波材；
其實(shí)在每條記錄的頁(yè)面有下拉菜單，可以方面的查看同一張通路在map , ko, ec, rn , org 的不同版本
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=obr&mapno=00020&mapscale=&show_description=show
image
pathway 通路圖包含了非常多的信息身隐，我們想要看懂一張通路圖各聘，必須理解圖中的元素都代表什么東西。在通路圖中抡医，官方提供的圖例如下：
結(jié)合hsa00020 來理解一下，在一張通路圖中早敬，有三種基本對(duì)象：
矩形代表KO
圓角矩形代表的是另外的通路圖
圓形代表的是化學(xué)物質(zhì)
箭頭代表他們之間的相互作用關(guān)系忌傻，對(duì)于蛋白互作，基因表達(dá)模式的關(guān)聯(lián)搞监，酶的相互作用水孩，在箭頭上又有不同的修飾符來表示不同的類型。
通路圖中主要包含了以下兩種關(guān)系：
基因之間的相互作用關(guān)系琐驴，現(xiàn)在有一種分析叫做通路圖重構(gòu)俘种，其實(shí)就是從中提取出基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，會(huì)重構(gòu)通路圖绝淡，然后基于該互作網(wǎng)絡(luò)進(jìn)一步挖掘信息宙刘；
通路之間的相互關(guān)系，對(duì)應(yīng)的有分析通路間的相互關(guān)系網(wǎng)絡(luò)牢酵，從而篩選出核心的通路悬包；
pathway的分類信息在brite 數(shù)據(jù)庫(kù)種的鏈接為
從圖中可以看到，pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)種包含了7大類別馍乙，我們常說的代謝通路只是我們用的最多布近，最大的一類垫释。
總結(jié)
- pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中的每條記錄有 map, ko, ec, rn, org 5種前綴，map 是reference pathway , ko/ec/rn 分別將 ko , ec, rn 在 reference pathway 中用藍(lán)色高亮顯示撑瞧；org 代表不同的物種棵譬，在reference pathway 中，將該物種的基因?qū)?yīng)的ko 進(jìn)行了綠色的高亮顯示预伺。
- 在一張通路圖中订咸，矩形代表ko,圓角矩形代表兩外一張通路；我們可以從pathway 中扭屁，挖掘出基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)和pathway的相互作用網(wǎng)絡(luò)算谈。
