本文是參考學(xué)習(xí)CNS圖表復(fù)現(xiàn)19—多時(shí)間點(diǎn)取樣的病人個(gè)免疫細(xì)胞亞群動(dòng)態(tài)變化探索的學(xué)習(xí)筆記±趾幔可能根據(jù)學(xué)習(xí)情況有所改動(dòng)求橄。
文章提到其單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)是：We used scRNA-seq to profile 49 samples (45 lung adenocarcinomas, 1 squamous cell carcinoma, and 3 tumor adjacent tissues [TATs]) (Figure 1A), corresponding to 30 individual patients.

我們可以使用下面的代碼檢查臨床屬性：

rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(Seurat)
library(ggplot2) 

### 來源于 step2-anno-first.R 
load(file = 'phe-of-first-anno.Rdata')
dim(phe)

## 來源于：CNS圖表復(fù)現(xiàn)05—免疫細(xì)胞亞群再分類 
load(file = 'phe-of-subtypes-Immune-by-manual.Rdata')
dim(phe)

ps=as.data.frame(table(phe$patient_id,phe$sample_name))
ps=ps[ps$Freq>1,]
ps
tail(sort(table(ps$Var1)))

# TH266 TH103 TH158 TH179 TH185 TH226 
#     2     3     3     3     3     3 

可以看到其中有兩個(gè)病人 TH226 and TH266, 是進(jìn)行了多時(shí)間點(diǎn)采樣，其中TH226有3個(gè)樣品葡公，而病人 TH226是2個(gè)樣品罐农。

文章是 residual disease (RD) 和 on therapy progressive disease (PD)，以及 patients before initiating systemic targeted therapy (TKI naive [TN]), 這3組催什。

這兩個(gè)病人的各自的多個(gè)樣品的單細(xì)胞數(shù)量分布如下：

圖片

細(xì)胞數(shù)量條形圖</figcaption>

這就是一個(gè)簡(jiǎn)單的ggplot的條形圖罷了涵亏，就不展示繪圖細(xì)節(jié)，獲取數(shù)據(jù)也很簡(jiǎn)單蒲凶，代碼如下：

> ps[ps$Var1=='TH226',]
      Var1   Var2 Freq
1253 TH226 LT_S52  156
1433 TH226 LT_S57  485
1973 TH226 LT_S82  566
> ps[ps$Var1=='TH266',]
      Var1   Var2 Freq
1800 TH266 LT_S75  592
1944 TH266 LT_S81  447

可以看到气筋， 跟原文仍然是有數(shù)量差異，但是不同分組的數(shù)量相對(duì)高低 是沒有變化的旋圆。

文章顯示的細(xì)胞亞群比例變化如下：

圖片

原文描述是宠默，RD組比TN來說，兩個(gè)病人都是巨噬細(xì)胞降低而T細(xì)胞上升 ：

• In 2 tumor biopsies available for patient TH266, both macrophages and T cells showed reduction in the fraction of macrophages and an increase in the fraction of T cells from TN to RD, findings which match the entire cohort
• TH226 exhibited a similar pattern with the fraction of macrophages decreasing at RD after initiation of treatment and increasing again at PD

同樣的灵巧，我們自己寫代碼搀矫，完成上面的分析或南，如下

TH266_phe=phe[phe$patient_id=='TH266',]
library(gplots)
tab.1=table(TH266_phe$analysis,TH266_phe$immuSub) 
balloonplot(tab.1)


TH226_phe=phe[phe$patient_id=='TH226',]
library(gplots)
tab.1=table(TH226_phe$analysis,TH226_phe$immuSub) 
balloonplot(tab.1)

出圖如下：

圖片

文章是 residual disease (RD) 和 on therapy progressive disease (PD)，以及 patients before initiating systemic targeted therapy (TKI naive [TN]), 這3組艾君。前面提到的RD組比TN來說，兩個(gè)病人都是巨噬細(xì)胞降低而T細(xì)胞上升肄方。

macrophages的臨床意義

既然我們得到了結(jié)論冰垄，residual disease (RD)相比較naive腫瘤樣品來說，都是 巨噬細(xì)胞降低而T細(xì)胞上升权她。就需要證明這個(gè)發(fā)現(xiàn)的臨床意義虹茶。

(G) Kaplan-Meier plot of deconvoluted TCGA lung adenocarcinoma data showing the relation between OS and the fraction of macrophages for each patient. Patients were stratified by high and low macrophage fraction.

圖片

也可以直接下載到TCGA數(shù)據(jù)庫的 lung adenocarcinoma隊(duì)列的臨床信息，以及那些病人的免疫細(xì)胞比例隅要，可以自己根據(jù)四分位數(shù)來做上面的生存分析蝴罪！

其實(shí)文章也提供了他們使用的TCGA數(shù)據(jù)庫

image.png