conda
conda與anaconda、miniconda的區(qū)別：
- Conda是一個(gè)包管理器;Anaconda是一個(gè)發(fā)行包
conda可以理解為一個(gè)工具，也是一個(gè)可執(zhí)行命令寂屏，其核心功能是包管理與環(huán)境管理词顾。包管理與pip的使用類似，環(huán)境管理則允許用戶方便地安裝不同版本的python并可以快速切換- Anaconda是一個(gè)打包的集合器皿垃它，里面預(yù)裝好了conda鲜屏、某個(gè)版本的python、眾多packages国拇、科學(xué)計(jì)算工具等等洛史，所以也稱為Python的一種發(fā)行版。也可以理解：
conda是包的管理酱吝，可以安裝包（conda install samtools）也殖，刪除環(huán)境（），查找等用法务热。- 其實(shí)還有Miniconda忆嗜，顧名思義，它只包含最基本的內(nèi)容——python與conda崎岂，以及相關(guān)的必須依賴項(xiàng)捆毫，對(duì)于空間要求嚴(yán)格的用戶，Miniconda是一種選擇
miniconda下載
- 百度搜索conda 清華
- 進(jìn)入Anaconda | 鏡像站使用幫助 | 清華大學(xué)開源軟件鏡像站 | Tsinghua...
- 找到"Miniconda 安裝包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下載冲甘。
" - 下載linux對(duì)應(yīng)版本(服務(wù)器提前登錄)：
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
miniconda不同版本_2019.1.4截圖
- 安裝
# 第一步下載
# miniconda安裝
# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
# 第二步安裝
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh # uname -a
# 按enter--三下空格--輸入yes--按enter--輸入yes
source ~/.bashrc
# 激活配置
# 第三步：配置鏡像
# 配置鏡像(安裝一次绩卤，鏡像也只配置一次途样，注意不要復(fù)制錯(cuò)誤！１舯铩何暇！)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 執(zhí)行完上述命令后，會(huì)生成~/.condarc
# 第四步：創(chuàng)建小環(huán)境并安裝軟件
# 創(chuàng)建名為rna的軟件安裝環(huán)境凛驮，同時(shí)安裝python=2版本的軟件
conda create -n rna python=2
# 出現(xiàn)三個(gè)done
# 查看當(dāng)前conda環(huán)境
# 可以看到成功建立的rna
conda info --envs
# 激活/進(jìn)入conda的rna環(huán)境裆站，避免安裝軟件時(shí)安裝到大環(huán)境
source activate rna
# 小環(huán)境創(chuàng)建成功，可以隨便安裝軟件到小環(huán)境里啦
# 嘗試
# 安裝 sra-tools軟件
conda search sra-tools
conda install -y sra-tools # done正確安裝辐烂，且能調(diào)出軟件help
......
source deactivate # 退出當(dāng)前環(huán)境
conda安裝鏡像搜索軟件：
https://bioconda.github.io/recipes.html
conda命令集合
# 查看環(huán)境名：
conda info --envs 或conda info -e
# 查看已安裝軟件列表：
conda list
# 退出環(huán)境：
source deactivate
# 更新：
conda update python
# (conda將python等軟件都視為package)
# 假設(shè)當(dāng)前環(huán)境是python 3.4, conda會(huì)將python升級(jí)為3.4.x系列的當(dāng)前最新版本
# 刪除全部packages
conda remove --name/-n wes --all
# 刪除某個(gè)packages
source activate wes
conda remove multiqc
# 或直接指明name
conda remove -n wes numpy
幫助文檔
conda命令的pdf：https://link.jianshu.com/?t=http://conda.pydata.org/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf
