核心知識點：
1.操作遷移
- 瀏覽目錄：
ls
-切換目錄：cd;pwd
-新建與刪除文件夾：mkdir/mkdir/rm -r
-查看文本：less /head/tail/cat
-壓縮與解壓縮：zip/gzip/tar/xf
-了解資源使用的情況：top
-數(shù)據(jù)下載：wget/curl
-安裝軟件：apt -get/yum/conda
基本命令的使用：命令 【空格】[參數(shù)]
練習(xí)：
(1) ls
使man ls可以查看關(guān)于ls的選項欧聘；常用的：
ls -l
total 92028 #
權(quán)限列
drwxrwxr-x. 5 yangjy yangjy 46 Jan 21 10:58 biosoft
drwxrwxrwx. 4 yangjy yangjy 231 Jan 16 12:01 GEOgetools
drwxrwxrwx. 19 yangjy yangjy 276 Jan 21 11:12 miniconda3
-rwxrwxrwx. 1 yangjy yangjy 94235922 Nov 24 03:21 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
drwxrwxrwx. 3 yangjy yangjy 17 Jan 14 00:08 project
drwxrwxr-x. 2 yangjy yangjy 6 Jan 27 11:23 R
drwxrwxrwx. 5 yangjy yangjy 124 Dec 16 01:03 sratoolkit.2.10.9-ubuntu64
drwxrwxrwx. 2 yangjy yangjy 6 Jan 13 17:13 src
drwxrwxr-x. 4 yangjy yangjy 30 Jan 21 16:28 test
#補充：linux文件的權(quán)限（由10位組成）
第1位 文件類型 -為：表示文件兵志；d為：表示文件夾（常見）
第2-4位 rwx 是指擁有者具有可讀r可寫w可執(zhí)行x的權(quán)限
第5-7位 rwx 指該文件屬主所在同一個組的用戶所具有的權(quán)限
第8-10位r-x 指其他用戶所具有的權(quán)限
常用的linux文件權(quán)限：
444 r--r--r--
600 drw-------
644 drw-r--r--
666 drw-rw-rw-
700 drwx------
744 drwxr--r--
755 drwxr-xr-x
777 drwxrwxrwx
- 最前面那個 - 代表的是類型
- 中間那三個 rw- 代表的是所有者（user）
- 然后那三個 rw- 代表的是組群（group）
- 最后那三個 r-- 代表的是其他人（other）
0（沒有權(quán)限）；4（讀取權(quán)限）讳侨；5（4+1 | 讀取+執(zhí)行）；6（4+2 | 讀取+寫入）；7（4+2+1 | 讀取+寫入+執(zhí)行）
(2) cd
(3) mkdir ; mv
實例
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:26 biosoft
-rw-rw-r-- 1 bio03 bio03 372 Jan 23 14:04 home.txt
drwxrwxr-x 18 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:13 miniconda3
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:56 project
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:57 src
ID:~$ mv abc test1
ID:~$ mv biosoft toolskit
ID:~$ mv home.txt a.txt
ID:~$ mv miniconda3 condahelp
ID:~$ mv project eg
ID:~$ mv src test2
ID:~$ ls -lh
total 24K
-rw-rw-r-- 1 bio03 bio03 372 Jan 23 14:04 a.txt
drwxrwxr-x 18 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:13 condahelp
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:56 eg
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 29 19:07 test1
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 23 12:57 test2
drwxrwxr-x 2 bio03 bio03 4.0K Jan 24 19:26 toolskit
(3)wget 下載
實例
擬南芥
右鍵復(fù)制下載地址
wget 右鍵粘貼：
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-49/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz
結(jié)果
ID:~/test1$:ls
Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz #.gz 壓縮包
zless Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz #zless 查看內(nèi)容
gunzip Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.chromosome.Mt.fa.gz #gunzip 解壓縮
補充：
linux命令怎么用：
- man
- help
- info
- [搜索引擎]
2.TAB補全
3.環(huán)境變量 - 環(huán)境變量與局部變量
1）查看環(huán)境變量PATH(echo $PATH)
echo $PATH #加上$表示變量名稱
/home/yangjy/miniconda3/envs/chipseq/bin:/bin:/usr/bin:/home/yangjy/GEOgetools/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin:/home/yangjy/GEOgetools/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin:/home/yangjy/miniconda3:/root/usr/local/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin:/home/yangjy/.GEOgetools:/home/yangjy/.aspera/connect/bin:/home/yangjy/.local/bin:/home/yangjy/bin
可以使用ls分別查看：
為什么有些可以打開，一些不行膊升？
2）什么時候用==》新建一個目錄存放軟件時需要添加環(huán)境變量
3）如何操作 將目錄加入環(huán)境變量PATH
4）實例
[基因組工具]seqkit
fasta/q處理工具
軟件的安裝與使用參考
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -l
total 6468
-rw-rw-r-- 1 bio03 bio03 6620785 Jan 12 22:38 seqkit_linux_amd64.tar.gz
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz #使用tar -zxvf 解壓
seqkit
-rwxr-xr-x 1 bio03 bio03 13701120 Jan 12 22:12 seqkit
### 使用 ./seqkit(./命令名 執(zhí)行當前目錄下的命令）
使用./命令名 執(zhí)行當前目錄下的命令
(凡是以/開頭的都是絕對路徑，否則為相對路徑）谭企；因此此處使用相對路徑來調(diào)用命令
./seqkit #相對路徑
/home/bio03/opt/bin/seqkit #絕對路徑
但是并不是所有軟件都是可讀可寫可執(zhí)行的（rwx）廓译；
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -l
total 13380
-rwxr-xr-x 1 bio03 bio03 13701120 Jan 12 22:12 seqkit #可讀可寫可執(zhí)行
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ chmod 055 seqkit #更改權(quán)限055
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -l
total 13380
----r-xr-x 1 bio03 bio03 13701120 Jan 12 22:12 seqkit #不可讀不可寫不可執(zhí)行
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ./seqkit
-bash: ./seqkit: Permission denied #權(quán)限不夠
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ chmod 755 seqkit #更改
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ls -lh
total 14M
-rwxr-xr-x 1 bio03 bio03 14M Jan 12 22:12 seqkit #可讀
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/opt/bin$ ./seqkit
SeqKit -- a cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation
。债查。责循。。攀操。院仿。。速和。歹垫。。颠放。排惨。。碰凶。暮芭。鹿驼。。辕宏。
- 添加環(huán)境變量
ls ~/opt/bin/ #首先ls一下畜晰，確保存在
seqkit
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ export PATH=$PATH:~/opt/bin/ #export+環(huán)境變量
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ seqkit #直接打seqkit發(fā)現(xiàn)可以條用，成功瑞筐。
but 這只是短時存在凄鼻，為了能一直有效，需要添加到配置文件
聚假？配置文件通過vim ~/.bashrc
i后可以編輯块蚌，在最后添加export PATH=$PATH:~/opt/bin/
Esc 后：wq 保存并退出
