?? 近期室抽，陸軍軍醫(yī)大學附屬醫(yī)院婦產(chǎn)科醫(yī)生《Nucleic Acids Research》雜志上發(fā)表了一篇關(guān)于m6A通過增強EIF3C翻譯來促進卵巢癌的進展的一篇文章览祖。作者在摘要中指出“YTHDF1通過與m6A修飾的EIF3CmRNA結(jié)合，以m6A依賴性的方式增強EIF3C的翻譯扭仁，并同時促進總體翻譯垮衷，從而促進卵巢癌的發(fā)生和轉(zhuǎn)移”
YT521-B同源域（YTH）蛋白（包括YTHDF1-3,YTHDC1-2)能夠識別含有m6A甲基化的mRNA。研究表明乖坠，YTHDF1和YTHDF3能夠促進含有m6A甲基化的mRNA翻譯搀突，而YTHDF2卻能夠阻斷上述mRNA的翻譯。在這篇文章中熊泵，作者通過m6A-seq以及RIP-seq發(fā)現(xiàn)卵巢癌細胞系中m6A閱讀蛋白YTHDF1表達明顯增多仰迁，以此為依據(jù)展開研究。
文章整體思路
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一顽分、YTHDF1在卵巢癌中的表達
1徐许、作者通過分析TCGA、GEO數(shù)據(jù)庫卒蘸，YTHDF1在卵巢癌中表達增加雌隅，并且在CSIOVBD數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn)，YTHDF1與患者的預后和存活有關(guān)
2悬秉、RT-qPCR說明在卵巢癌細胞中YTHDF1mRNA表達明顯增加澄步；Tissue microarry 發(fā)現(xiàn)其蛋白表達也增強?????????????????????????????????? ?
二、YTHDF1的敲除---功能研究
在A2780和SKOV3卵巢癌細胞中和泌，構(gòu)建YTHDF-shRNA表達載體以干擾YTHDF1的表達村缸，CCK-8細胞增殖實驗，Edu染色以及克隆-集落形成實驗都表明YTHDF1敲除會抑制卵巢癌細胞的增殖武氓，遷移和增加凋亡梯皿。
三仇箱、裸鼠中異種腫瘤的移植以及YTHDF1敲除的體內(nèi)研究
1、在YTHDF1敲除的裸鼠體內(nèi)东羹，腫瘤的體積和重量小于對照組
2剂桥、YTHDF1的敲除使得細胞增殖因子Ki-67表達降低，細胞凋亡因子caspase-3表達增加
四属提、m6A甲基化分析
1权逗、RNA-seq
YTHDF1敲除導致1715個基因發(fā)生改變，其中633個基因上調(diào)冤议，1080個基因下調(diào)斟薇；對測序記過進行GO分析表明，所改變基因與MAPK恕酸、ERK信號通路堪滨、腫瘤抑制以及細胞遷移的調(diào)節(jié)有關(guān)
2、m6A-seq
MEME算法分析鑒定了m6A的motif————GGAC蕊温；m6A修飾富集于開放閱讀框（OFRs）終止密碼子附近并且與蛋白質(zhì)編碼有關(guān)并且大部分都集中在mRNA上袱箱。
3、RIP-seq
鑒定了1698個潛在的YTHDF1靶基因
4义矛、將上述三個測序結(jié)果取交集发笔，發(fā)現(xiàn)共有46個基因三種測序結(jié)果都含有，647個基因并沒有因為YTHDF1的敲除而發(fā)生變化症革；對著647個基因進行功能富集分析表明筐咧，這些基因涉及的生物學過程包括：RNA翻譯，剪接以及穩(wěn)態(tài)噪矛。
五量蕊、EIF3C是YTHDF1的下游靶蛋白
如何進行YTHDF1下游靶蛋白確定，作者采用eCLIP-seq鑒定了2434個靶目標轉(zhuǎn)錄物艇挨，并且有175個基因是YTHDF1的直接靶標残炮。
KEGG信號通路分析表明，這些基因與凋亡和mTOR信號通路有關(guān)
Ciros plot 綜合RIP-seq, eCLIP-seq, m6A-seq, and RNA-seq分析表明缩滨，YTHDF1可能調(diào)節(jié)這些基因的翻譯势就，而不是RNA豐度。
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將eCLIP測序數(shù)據(jù)與m6A-seq數(shù)據(jù)取交集發(fā)現(xiàn)共同含有175個基因脉漏，并且在這些基因當中苞冯，EIF3C的表達水平最高；
六侧巨、YTHDF1促進EIF3CmRNA翻譯
1舅锄、YTHDF1的敲除使EIF3C蛋白表達降低，而對于其mRNA的表達無影響司忱；同時皇忿，通過m6A實驗發(fā)現(xiàn)畴蹭，EIF3C mRNA上的m6A顯著增加，因此鳍烁，作者推測YTHDF1可能調(diào)節(jié)EIF3C的蛋白穩(wěn)定性和翻譯的效率叨襟。
2、作者緊接著探討是否YTHDF1調(diào)節(jié)EIF3C的表達是以m6A的方式
在K395A和Y397A卵巢癌細胞系中轉(zhuǎn)染YTHDF-野生型以及突變型載體發(fā)現(xiàn)幔荒，野生型而不是突變型YTHDF1會使EIF3C的mRNA表達降低糊闽，于此一致，YTHDF1野生型而不是突變型會使EIF3C蛋白表達增加爹梁；與之前一樣墓怀，將EIF3C突變型以及野生型載體轉(zhuǎn)染進上述細胞中，發(fā)現(xiàn)：YTHDF1-野生型而不是突變型會影響EIF3C野生型表達卫键，也會輕微的影響EIF3C突變型的表達
七、EIF3C在卵巢癌中的作用
1虱朵、GEO數(shù)據(jù)庫以及CSIOVDB數(shù)據(jù)庫連用發(fā)現(xiàn)在卵巢癌樣本中EIF3CRNA表達水平有變化
2莉炉、在卵巢癌樣本中，EIF3C的蛋白表達水平明顯增加?
3碴犬、EIF3C在卵巢癌組織中功能探討絮宁，經(jīng)過細胞增殖和克隆集落實驗發(fā)現(xiàn)，EIF3C敲除會明顯的抑制癌組織的增殖和集落形成能力服协，同時也能夠誘導細胞遷移以及浸潤能力绍昂。
八、EIF3C作為YTHDF1的直接下游靶標偿荷，以m6A 依賴的方法增加mRNA表達窘游，來促進卵巢癌的進展
總結(jié)
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??? m6A RNA 甲基化是近幾年熱度持續(xù)上升的一個話題，不管是在癌癥跳纳，植物忍饰，酵母以及其他真核生物中，m6A都以極為保守的序列存在寺庄。早在19世紀70年代就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)m6A甲基化的存在艾蓝，但由于當時的科研水平有限，所以其發(fā)展一直處于停滯的狀態(tài)斗塘。但如今赢织，隨著m6A去甲基化酶FTO的發(fā)現(xiàn)，正式揭開了m6A神秘的面紗馍盟。
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?????? m6A是在真核生物中一種可逆的轉(zhuǎn)錄后修飾于置，通常在mRNA（近期也發(fā)現(xiàn)在LncRNA、tRNA也發(fā)現(xiàn)m6A的存在）3'-UTR以及可翻譯區(qū)出現(xiàn)朽合。MRTTL3俱两、METTL14以及WTAP作為m6A的“writer”能夠?qū)6A加入到相應的RNA饱狂；FTO 、ALKBH5作為m6A的“eraser”能夠?qū)6A從相應的位置去除宪彩；而YT52B同源的結(jié)構(gòu)域家族蛋白（YTHDF1-3休讳、YTHDC1-2)作為m6A的"reader"能夠識別m6A修飾，從而調(diào)節(jié)其mRNA的翻譯或者轉(zhuǎn)錄尿孔。
后期俊柔，小編會繼續(xù)推出m6A文獻的解讀，希望大家可以多多提寶貴的意見活合，我們一同進步雏婶；關(guān)注小編，不迷路白指！
文章來源：“The m6A reader YTHDF1 promotes ovarian cancer progression via augmenting EIF3C translation”
