第一期學(xué)習(xí)小組分享會(huì)呵恢，主題為代謝數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹和使用鞠值，主要內(nèi)容為KEGG、BIGG渗钉、MetaCyc彤恶、MetaRxn、BRENADA晌姚、SEED粤剧、ATLAS和MINE數(shù)據(jù)庫(kù)的學(xué)習(xí)和介紹。

KEGG：https://www.kegg.jp/

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是由日本京都大學(xué)和東京大學(xué)聯(lián)合開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù)挥唠，是基因組測(cè)序和其他高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)生成的大規(guī)模分子數(shù)據(jù)集的整合和解讀的突出參考知識(shí)庫(kù)，可以用來(lái)查詢代謝途徑焕议、酶（或編碼酶的基因）宝磨、產(chǎn)物等弧关，也可以通過(guò)BLAST比對(duì)查詢未知序列的代謝途徑信息。KEGG主要通過(guò)Web界面進(jìn)行訪問(wèn)唤锉，同樣也可以通過(guò)本地運(yùn)行的Perl或java程序進(jìn)行訪問(wèn)世囊，使用很方便。KEGG是一個(gè)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)資源窿祥，進(jìn)一步可細(xì)分為16個(gè)主要的數(shù)據(jù)庫(kù)株憾。

PubChem：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/

業(yè)界很有名的分子數(shù)據(jù)庫(kù)，儲(chǔ)存有化合物的 2D 和 3D 結(jié)構(gòu)物理性質(zhì)晒衩、化學(xué)性質(zhì)以及安全信息嗤瞎。更重要的是能查詢到與化合物相關(guān)的文獻(xiàn)和專利，該功能能迅速且全面地讓我們了解檢索化合物的背景知識(shí)听系。

ChEBI：http://www.ebi.ac.uk/chebi/

BioCyc：https://biocyc.org/

16822個(gè)途徑/基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的集合（大腸桿菌贝奇、枯草芽孢桿菌、釀酒酵母和人等生物體的基因組和代謝途徑靠胜；計(jì)算預(yù)測(cè)的代謝途徑和操縱子(細(xì)菌和古細(xì)菌)從其他數(shù)據(jù)庫(kù)中整合的數(shù)據(jù)掉瞳，包括基因本質(zhì)、調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)浪漠、蛋白質(zhì)特征和基因注釋）陕习；加上探索它們的軟件工具（基因組瀏覽器、個(gè)體代謝通路和完整代謝圖的顯示等）址愿。

MetaCyc

MetaCyc是一個(gè)闡明通過(guò)實(shí)驗(yàn)手段闡釋代謝通路的數(shù)據(jù)庫(kù)该镣。MetaCyc的數(shù)據(jù)來(lái)源于科學(xué)實(shí)驗(yàn)文獻(xiàn)，含有初生代謝和次生代謝通路必盖，還包括相關(guān)的化合物拌牲、酶和基因，比如：與大多數(shù)的微生物和植物中發(fā)生的通路有關(guān)的2,844種不同生物歌粥；帶有14,051種酶反應(yīng)和52,446個(gè)相關(guān)文獻(xiàn)引用的2,526種代謝通路塌忽；MetaCyc收集了所有的由國(guó)際生物化學(xué)與分子生物學(xué)聯(lián)合會(huì)命名委員會(huì)（NC-IUBMB）分配EC編號(hào)的所有酶催化反應(yīng)；MetaCyc并不會(huì)為特定有機(jī)體系建立完成的代謝模型失驶。

Reactome：http://reactome.org/

免費(fèi)開(kāi)源的代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)土居，提供直觀的生物信息學(xué)工具，用于可視化嬉探、解釋和分析途徑相關(guān)知識(shí)擦耀，以支持基礎(chǔ)研究，基因組分析涩堤、建模和系統(tǒng)生物學(xué)研究等眷蜓。

Reactome利用PSIQUIC Web服務(wù)來(lái)覆蓋來(lái)自Reactome功能交互網(wǎng)絡(luò)和外部交互數(shù)據(jù)庫(kù)（如IntAct，ChEMBL胎围，BioGRID和iRefIndex）的分子交互數(shù)據(jù)吁系。Pathway注釋由生物學(xué)專家與Reactome編輯人員合作編寫(xiě)德召，并交叉引用許多生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（NCBI Gene數(shù)據(jù)庫(kù)，Ensembl和 UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)汽纤，UCSC基因組瀏覽器上岗，KEGG化合物和ChEBI小分子數(shù)據(jù)庫(kù)，PubMed和 Gene Ontology）蕴坪。

BRENDA：https://www.brenda-enzymes.org/

酶數(shù)據(jù)庫(kù)肴掷，提供酶的分類、命名法背传、生化反應(yīng)呆瞻、專一性、結(jié)構(gòu)续室、細(xì)胞定位栋烤、提取方法、文獻(xiàn)挺狰、應(yīng)用與改造及相關(guān)疾病的數(shù)據(jù)明郭。

BIGG：http://bigg.ucsd.edu/

基因組及代謝網(wǎng)絡(luò)重建的知識(shí)庫(kù)，將108多個(gè)已發(fā)布的基因組尺度代謝模型集成到一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中丰泊。用戶可以瀏覽薯定、搜索和可視化模型，BiGG模型中的基因被映射到NCBI基因組注釋瞳购，代謝產(chǎn)物被鏈接到許多外部數(shù)據(jù)庫(kù)(KEGG话侄、PubChem等)。

kbase：https://narrative.kbase.us

能利用注釋好的基因組快速重建基因組水平的代謝模型

可能網(wǎng)絡(luò)存在問(wèn)題学赛？各個(gè)模塊按鈕點(diǎn)不開(kāi)年堆！

antiSMASH：https://antismash.secondarymetabolites.org

微生物次級(jí)代謝物合成基因簇注釋數(shù)據(jù)庫(kù)，允許對(duì)細(xì)菌和真菌基因組中的次級(jí)代謝物生物合成基因簇進(jìn)行全基因組的快速識(shí)別盏浇、注釋和分析变丧。

SEED

MetaRxn

跨越代謝模型和數(shù)據(jù)庫(kù)的代謝物和反應(yīng)的知識(shí)庫(kù)

BioCarta Pathway

ATLAS

MINE