我與轉(zhuǎn)錄組的愛恨情仇
感謝豆豆和花花給我這個學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組的機(jī)會 比心南窗！
轉(zhuǎn)錄組我自己折騰了很多次参歹，但是每次都是半途而廢勾哩。從最早的轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)小組學(xué)習(xí)筆記開始學(xué)習(xí)和模仿（copy 代碼），到后來參加線下課及線上課褒繁，上游流程玩的可溜了亦鳞，可到后面分析就懵了。
在我之前的認(rèn)知里棒坏，轉(zhuǎn)錄組的上游分析只是跑跑軟件燕差，fastqc、multiqc坝冕、fastp徒探、trimmomatic、catadapter瞎懟一通喂窟，再到后面無參的用trinity测暗，有參的用各種mapping軟件不管三七二十一往上map，然后就懵逼了磨澡，撓撓頭不知道下一步該怎么做了碗啄。由于我研究生期間做的東西很多很雜，所以總是沒有時間和機(jī)會把整個流程靜下心來好好的走完一遍钱贯。
嗯挫掏，這次呢，就趁此機(jī)會好好學(xué)一下秩命，也順便做個記錄尉共。
什么是轉(zhuǎn)錄組呢
我們都知道，染色體上的DNA是決定一個物種的關(guān)鍵弃锐，就像古代的皇帝袄友，坐鎮(zhèn)中央（細(xì)胞核），由將士們（各種各樣的蛋白質(zhì)）大殺四方霹菊【珧迹皇帝怎么調(diào)兵遣將支竹，如何調(diào)動各處的兵馬呢？皇帝決定要發(fā)號施令了鸠按，就召喚發(fā)令官（RNA聚合酶）草擬口諭礼搁，由傳令官（mRNA）帶著圣上口諭（所攜帶的遺傳信息）到兵馬行（核糖體）招兵買馬，然后集結(jié)軍隊征戰(zhàn)四方目尖。而我們測的轉(zhuǎn)錄組呢馒吴，就相當(dāng)于去把這個傳令官給它抓起來，由刑部（測序儀）嚴(yán)刑拷打（測序）瑟曲，讓他把口諭內(nèi)容翻譯成我們能懂的語言饮戳，看看皇帝到底發(fā)的什么命令，從而理解整個帝國是如何運(yùn)作的洞拨。
大概是這樣吧扯罐？歡迎小伙伴們一起來討論看看有沒有什么地方理解錯了。
提供一個非常短且有趣的文章給大家理解這一塊內(nèi)容（10.1038/nmeth.2735）~
分析轉(zhuǎn)錄組需要的資源
當(dāng)然是要在linux平臺啦烦衣，畢竟很多軟件都是在linux平臺下開發(fā)的歹河，這是繞不開的一道坎。我有個老師一直在追求如何在Windows下通過不需要任何命令的方式做生物信息學(xué)分析琉挖。我總覺得启泣，有那個找替代品和盜版軟件的倔強(qiáng)和時間，早就把linux學(xué)得很溜了示辈。
我常用的平臺：Ubuntu16.04
Ubuntu對新手比較友好寥茫，安裝起來方便，雖然基佬紫配色不太好看（懶得調(diào)）矾麻，但是好用就成纱耻。
軟件：
質(zhì)控：看看測序的質(zhì)量如何及對質(zhì)量不好的序列進(jìn)行修正（去接頭啦，去除低質(zhì)量序列啦等等）
- FastQC
- multiQC
- FastP
- trimmomatic
- cutadapter
無參：沒有參考基因組的話那就直接轉(zhuǎn)錄組de novo拼接
- trinity
有參：有兩種险耀，一種是基于比對的弄喘，另一種是不需要比對的，各有千秋甩牺，要看自己想要什么了蘑志。
- STAR
- Hisat2
- Bowtie
- Bowtie2
- BWA
……（好吧我不知道了）
下游大概的流程應(yīng)該是富集分析、功能注釋之類的贬派。急但。？嗯搞乏，果然學(xué)藝不精波桩。。
下面提供兩份來自nature protocols的做RNA-seq的protocol:
- Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown
-
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks
這邊多說一句请敦，tophat這個工具開發(fā)者已經(jīng)不建議使用了的镐躲，所以第二份僅供了解和參考思路储玫，實戰(zhàn)中就不要用了呀。
打完收工~
