成功案例(IF=5.7)| mNGS預(yù)測小兒重癥肺炎患者抗菌素耐藥性

01? ?研究背景

抗菌素耐藥性(AMR)是對(duì)兒童健康的一個(gè)主要威脅,由于過度或不適當(dāng)?shù)厥褂每股丶钭保c呼吸道感染相關(guān)的抗菌素耐藥性發(fā)病率的增加已成為一個(gè)日益關(guān)注的臨床問題唇牧。因此,準(zhǔn)確識(shí)別病原體和抗菌素耐藥性是靶向抗生素治療的關(guān)鍵咨跌。近年來,宏基因組下一代測序技術(shù)(mNGS)已被開發(fā)出來乌企,用于直接檢測臨床樣本中的微生物核酸虑润,具有同時(shí)檢測微生物和耐藥基因或突變的能力。在血液感染加酵、中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染拳喻、呼吸道感染和其他疾病中檢測病原微生物方面,mNGS已被證明比傳統(tǒng)培養(yǎng)方法具有更高的敏感性猪腕。此外冗澈,mNGS已被廣泛應(yīng)用于臨床檢測各種綜合征患者的病原微生物。然而陋葡,對(duì)于在臨床環(huán)境中通過mNGS檢測預(yù)測AMR的準(zhǔn)確性缺乏理解亚亲,這使得mNGS很難為臨床抗生素決策提供理論支持。本研究比較了mNGS和表型敏感性試驗(yàn)PST對(duì)重癥肺炎患兒耐藥基因的檢測結(jié)果腐缤,評(píng)價(jià)了mNGS在預(yù)測耐藥性方面的準(zhǔn)確性捌归。

02? ?研究思路

圖1 研究思路

03? ?研究結(jié)論

本研究的目的是評(píng)估m(xù)NGS在預(yù)測兒童重癥肺炎患者AMR中的表現(xiàn)。作者同時(shí)對(duì)兒童重癥肺炎患者的支氣管肺泡灌洗液樣本進(jìn)行mNGS和培養(yǎng)岭粤。通過將微生物和抗生素耐藥基因的mNGS檢測結(jié)果與培養(yǎng)結(jié)果進(jìn)行比較惜索,計(jì)算其敏感性、特異性剃浇、陽性預(yù)測值和陰性預(yù)測值巾兆。在71.7%的病例(86/120)中猎物,mNGS檢測到細(xì)菌的樣本數(shù)顯著高于培養(yǎng)病例(58/120,48.3%)。與培養(yǎng)物相比角塑,mNGS檢測病原微生物的敏感性為96.6%蔫磨,特異性為51.6%。19種抗生素的表型藥敏試驗(yàn)(PST)顯示圃伶,不同細(xì)菌間的耐藥率存在顯著差異堤如。mNGS對(duì)碳青霉烯類耐藥的敏感性預(yù)測高于青霉素類和頭孢菌素。對(duì)鮑曼不動(dòng)桿菌碳青霉烯類耐藥性的預(yù)測也具有較高的敏感性留攒,為94.74%煤惩。以上研究結(jié)果顯示mNGS在不同的病原體和抗生素之間表現(xiàn)出不同的預(yù)測性能,表明其具有作為傳統(tǒng)PST的補(bǔ)充工具的潛力炼邀。

圖2? 通過mNGS和培養(yǎng)物檢測到的微生物
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