因為小編之前做過一段時間的SV分析荷腊，所以想在此分享一下做SV分析的過程孕豹。
今天先介紹如何下載物種的contig數(shù)據(jù)捧挺？這是SV分析的第一步倚搬。
這里我用Chimpanzee作為例子進行介紹，嘻嘻脱盲！
首先我們需要從NCBI的AssemblyDatabase搜索物種信息邑滨，chimp的網(wǎng)址是：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_002880755.1
如下圖所示，我們再此可以知道物種的WGS project ID是 NBAG03钱反，點擊進入掖看。
進入到新頁面以后，你會看見網(wǎng)頁底部有WGS ***面哥，如下圖所示哎壳，點擊WGS。
點擊之后尚卫，你會進到數(shù)據(jù)庫Sequence Set Browser Database归榕，如下圖所示。該界面會介紹該版本基因組的相關(guān)信息吱涉，比如ID刹泄，物種名等外里。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/NBAG03?display=contigs
點進去以后，你會看到download標志特石，如下圖所示级乐，至此，可下載所有的contig fasta文件县匠。如果在服務(wù)器上，可使用wget+website進行下載撒轮，如果在本地電腦乞旦，可以直接點擊鏈接下載。
下載完畢后题山，你需要合并所有的contig數(shù)據(jù)到一個contig文件中兰粉，用于后續(xù)分析。記得要給fasta文件建立索引哦顶瞳，可以使用samtools faidx – indexes or queries regions from a fasta file建立索引玖姑，完整的介紹見網(wǎng)址：http://www.htslib.org/
綜上，介紹了做SV分析的第一步慨菱，如何下載contig數(shù)據(jù)焰络。
