解螺旋科研套路學(xué)習(xí)一因妙、基礎(chǔ)科研五要素

五要素:疾病痰憎、表型、模型攀涵、檢測(cè)方法铣耘、分子標(biāo)記
一、由疾入型


由疾入型學(xué)員筆記 04.jpeg

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二以故、化型為模


[圖片上傳中...(化型為模學(xué)員筆記 03.png-b1e8d7-1590137874274-0)]

化型為模學(xué)員筆記 03.png

確定了疾病和表型蜗细,就開(kāi)始尋找模型
三個(gè)概念:
1、in vitro體外實(shí)驗(yàn)怒详,商業(yè)化的細(xì)胞株屬于這種

2炉媒、in vivo 就是活體內(nèi),也就是動(dòng)物模型
3昆烁、ex vivo 是有定義的吊骤,特指直接活體取材,比如取皮膚静尼、腦組織白粉、腸、心臟鼠渺、血液等鸭巴,有時(shí)候是一部分動(dòng)物實(shí)驗(yàn)完成后取器官、組織等進(jìn)行分析叫 ex vivo拦盹,還有體外培養(yǎng)細(xì)胞體內(nèi)回輸?shù)膶?shí)驗(yàn)鹃祖,也是 ex vivo,人的組織標(biāo)本實(shí)驗(yàn)也是

第一步普舆,最基礎(chǔ)的細(xì)胞實(shí)驗(yàn)惯豆,優(yōu)點(diǎn)省錢池磁,可重復(fù)性高,效果較穩(wěn)定(商業(yè)化細(xì)胞株)楷兽,缺點(diǎn)地熄,與人體情況差比較多
可分為直接購(gòu)買的商業(yè)細(xì)胞株與取自原代的細(xì)胞株(盡量用前者,尤其是腫瘤芯杀,有大量的可供選擇)
所以一般是細(xì)胞端考、動(dòng)物、人組織標(biāo)本揭厚,還有第四個(gè)電腦模擬計(jì)算的數(shù)據(jù)
細(xì)胞還可以做分子水平研究却特,所以是五個(gè)維度的數(shù)據(jù),細(xì)胞功能數(shù)據(jù)筛圆,動(dòng)物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)裂明,組織標(biāo)本數(shù)據(jù),分子機(jī)制數(shù)據(jù)太援,加上生信分析數(shù)據(jù)

細(xì)胞和動(dòng)物模型都可以分為自發(fā)和誘發(fā)兩種闽晦,細(xì)胞比較簡(jiǎn)單,(細(xì)胞系/原代)提岔,是否需要加入某些干預(yù)因素建模仙蛉;
動(dòng)物(多用老鼠,飼養(yǎng)方便碱蒙,繁殖快荠瘪,研究的人多赛惩,基因組信息相對(duì)完善哀墓,方便操作),轉(zhuǎn)基因動(dòng)物模型喷兼,證據(jù)等級(jí)更高麸祷,裸鼠(先天性胸腺缺陷突變的小鼠),還有PDX模型直接接種來(lái)源于患者原代腫瘤組織形成移植瘤模型褒搔,這種模型就會(huì)帶有患者組織的一些特性阶牍,不同的患者組織具有異質(zhì)性,適用于個(gè)性化治療策略的研究
三星瘾、法走孽、標(biāo)兩立
法,檢測(cè)方法琳状,Assay磕瓷,就是各種生物學(xué)試驗(yàn),我們起碼需掌握三點(diǎn)
1、積累表型所對(duì)應(yīng)的評(píng)價(jià)試驗(yàn)困食,逐漸形成目錄索引index边翁,且一個(gè)結(jié)論應(yīng)有多個(gè)試驗(yàn)相互佐證才可靠;
2硕盹、每個(gè)試驗(yàn)的原理和操作流程符匾;
3、每個(gè)試驗(yàn)的預(yù)期結(jié)果瘩例。結(jié)果的呈現(xiàn)形式啊胶,分析方法。
基礎(chǔ)科研四個(gè)常規(guī)體系
1垛贤、組學(xué)omics
四大金剛焰坪,基因組學(xué) genomics 和轉(zhuǎn)錄組學(xué) transcriptomics,蛋白組學(xué) proteomics 和代謝組學(xué) metabonomics聘惦。配合生物信息學(xué)
2某饰、分子實(shí)驗(yàn)
典型的分子實(shí)驗(yàn)有檢測(cè) RNA 的實(shí)時(shí)熒光定 量 PCR,檢測(cè)蛋白的 Western blot
上調(diào)一個(gè)基因一:過(guò)表達(dá)善绎,下調(diào)就叫抑制黔漂、沉默。圍繞基因操作涂邀,你就學(xué)習(xí)到什么是基因克隆瘟仿,什么是質(zhì)粒箱锐,什么是病毒載體比勉,以及載體 構(gòu)建的技術(shù)和 RNA 干擾技術(shù)等等
3、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)
細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的核心是培養(yǎng)細(xì)胞株驹止,可以產(chǎn)出表型功能的最終實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)浩聋,腫瘤具有增殖、抗凋亡臊恋,侵襲轉(zhuǎn)移衣洁,血管新生等等表型,相應(yīng)地這些 assays 就有生長(zhǎng)曲線抖仅,克隆形成坊夫,流式細(xì)胞儀檢測(cè)凋亡,Transwell撤卢,劃痕實(shí)驗(yàn)研究運(yùn)動(dòng)遷移环凿,血管內(nèi)皮細(xì) 胞在基質(zhì)膠上的血管形成實(shí)驗(yàn)等等。
4放吩、動(dòng)物實(shí)驗(yàn)
包 括對(duì)模型鑒定智听,有沒(méi)有疾病和表型的特征,以及加了干預(yù)因素之后的評(píng)價(jià)效果。組學(xué)到推,分子考赛, 細(xì)胞
標(biāo):
分子標(biāo)志物
比如 OCT-4 特異性表達(dá)于胚胎干細(xì)胞,可作為胚胎干細(xì)胞 的標(biāo)志物莉测。CD34 選擇性地表達(dá)于早期造血干細(xì)胞颜骤、造血祖細(xì)胞表面。實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)從骨髓和 外周血來(lái)源的悔雹,CD34 陽(yáng)性富集的細(xì)胞群體顯出大部分的造血活性复哆,所以 CD34 被認(rèn)為是造 血干/祖細(xì)胞的標(biāo)志物,神經(jīng)干細(xì)胞可以用 Nestin 蛋白篩選腌零,Nestin 主要表達(dá)在中樞神經(jīng)系 統(tǒng)的干細(xì)胞上梯找,不在成熟中樞神經(jīng)細(xì)胞上表達(dá)。腫瘤干細(xì)胞的標(biāo)記 CD44益涧,CD133锈锤,應(yīng)用廣泛。所謂的分子標(biāo)記其實(shí)就是特異性表達(dá)的一些蛋白闲询,其中大部分 是膜蛋白久免,便于檢測(cè)和分選。前面有人研究了發(fā)現(xiàn)這個(gè)蛋白只在這種細(xì)胞扭弧,這種表型狀態(tài)下 表達(dá)阎姥,而其他地方不表達(dá),那它的表達(dá)就可以用來(lái)鑒定這種細(xì)胞或某種表型鸽捻。其實(shí)只要是特 異性表達(dá)的都可以做 biomarker呼巴,不限于蛋白。現(xiàn)在得到公認(rèn)的標(biāo)都已經(jīng)有 10 年以上的研究 歷史御蒲,標(biāo)是一個(gè)領(lǐng)域研究足夠深入之后的產(chǎn)物衣赶,所謂江山代有才人出,只是新人總讓舊人哭厚满。
增殖



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轉(zhuǎn)移


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上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)換


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總結(jié)
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