curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
sudo python get-pip.py
image.png
pip install multiqc
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檢查是否正常安裝
multiqc
image.png
在NCBI中尋找兩條序列
利用prefetch下載此序列
prefetch SRR5987926
prefetch SRR5987998
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轉(zhuǎn)為fastqc的格式
cd ~/ncbi/public/sra
fastq-dump --split-files SRR5987926.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR5987926.sra
fastq-dump --split-files SRR5987998.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR5987998.sra
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用fastqc分析
fastqc SRR5987926_1.fastq.gz SRR5987926_2.fastq.gz SRR5987998_1.fastq.gz SRR5987998_2.fastq.gz
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使用multiqc
multiqc.
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查看結(jié)果
22222222222222222.png
