從IGV的可視化結果看鏈特異性建庫

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右擊赴叹，選擇Group alignments by，選擇first-in-pair strand


igv_snapshot.png

上圖這兩個基因因為轉錄方向不同指蚜，所以First in pair的這條reads比對到基因組上的方向也不同乞巧。向右轉錄（??）的基因，F(xiàn)irst in pair比對到負鏈上摊鸡，向左轉錄（??）的基因绽媒，F(xiàn)irst in pair比對到正鏈上。

說白了免猾，鏈特異性建庫會告訴你是辕，測得這條序列是來自正鏈轉錄還是負鏈轉錄，比如兩個轉錄方向相反的基因有部分重疊的時候猎提，就會特別有用获三。你就能知道比對到重疊區(qū)域的reads到底屬于哪個基因。
igv_snapshot1.png
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