遇到一個報錯鸯绿,困擾了很久趴酣,報錯信息如下:
重點還是:
Error: ncbi::objects::CSeq_id::x_Init() - Unsupported ID type
原命令:makeblastdb -in all.pep -dbtype prot -parse_seqids -hash_index
其實在這一版之前兑凿,還有一版是用原來NCBI下載的數(shù)據(jù)埃碱,ID中有“|”符號催蝗,也出現(xiàn)了如上的報錯苦酱,所以人為地把ID直接修改成了“.”售貌,依然出現(xiàn)報錯。
困惑了兩天之后疫萤,發(fā)現(xiàn)不是輸入文件ID的問題颂跨。查找一通之后,解決了這個問題~~~
其實只需要刪除-parse_seqids
這個參數(shù)就好啦扯饶。 這個參數(shù)的解釋如下:
【 -parse_seqids #Option to parse seqid for FASTA input if set, for all other input types
seqids are parsed automatically】
把命令改為makeblastdb -in all.pep -dbtype prot -hash_index
再運行命令恒削,就可以啦3鼐薄!钓丰!
參考:https://www.biostars.org/p/370591/#9495887
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------I am a line ! Thanks!-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------