FastQC是一個在生物信息學(xué)領(lǐng)域廣泛使用的工具蛤吓，用于對高通量測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制。這是一個Java應(yīng)用程序，需要一個Java運(yùn)行環(huán)境（JRE）。
FastQC的結(jié)果只針對一個測序文件找都，如果想將多個測序文件的結(jié)果整合一塊來看，可以嘗試用MultiQC軟件
MultiQC是一種基于Python的工具廊酣，用于整合和查看多種類型高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制結(jié)果能耻。

安裝

1. 安裝Java Runtime Environment (JRE)和 Java Development Kit (JDK)

1.1. JRE和JDK

• Java有多種不同的實(shí)現(xiàn)；Open JDK和Oracle Java是Java的兩個主要實(shí)現(xiàn)啰扛，它們之間幾乎沒有區(qū)別嚎京。
• Java Runtime Environment (JRE)： 由Java虛擬機(jī)JVM，類和二進(jìn)制文件組成隐解，提供環(huán)境讓我們能夠運(yùn)行Java程序。
• Java Development Kit (JDK)：包含構(gòu)建Java應(yīng)用程序所需的JRE以及開發(fā)/調(diào)試工具和庫诫睬，有些java程序運(yùn)行的時候需要調(diào)用煞茫。

1.2. 安裝

1.2.1. apt安裝方式（有sudo權(quán)限）

• 需要sudo權(quán)限，可以在自己的虛擬機(jī)或服務(wù)器試
• 默認(rèn)的Ubuntu 20.04軟件源包含兩個OpenJDK軟件包：Java Runtime Environment JRE和Java Development Kit JDK摄凡。
• Ubuntu Server 20.04軟件源提供的jre及其安裝代碼：

  sudo apt install openjdk-11-jre-headless  # version 11.0.20.1+1-0ubuntu1~20.04, or
  sudo apt install default-jre              # version 2:1.11-72
  sudo apt install openjdk-16-jre-headless  # version 16.0.1+9-1~20.04
  sudo apt install openjdk-17-jre-headless  # version 17.0.8.1+1~us1-0ubuntu1~20.04
  sudo apt install openjdk-8-jre-headless   # version 8u382-ga-1~20.04.1
  sudo apt install openjdk-13-jre-headless  # version 13.0.7+5-0ubuntu1~20.04
  

在Ubuntu安裝JDK和JRE：

1. 安裝

   sudo apt-get update
   sudo apt install openjdk-11-jre-headless -y
   sudo apt install default-jdk -y
   

2. 測試是否安裝成功

   java -version
   javac -version
   

   (安裝成功可以不看這條)我在運(yùn)行sudo apt install default-jdk -y時出現(xiàn)以下報(bào)錯且安裝失敗:

   在查詢實(shí)驗(yàn)多種方式后续徽，用以下兩種途徑成功安裝：

   法一

   參考文章https://blog.csdn.net/weixin_44120025/article/details/120934224

   cd /etc/apt/apt.conf.d
   sudo chmod 777 proxy.conf    #如果顯示找不到該文件，就換種方法
   sudo gedit proxy.conf    #彈出proxy.conf文件亲澡，刪除里面的http那兩行钦扭，保存關(guān)閉
   sudo chmod 444 proxy.conf 
   

   法二（換源）

   參考文章https://blog.csdn.net/Leslie___Cheung/article/details/120885228

   sudo cp /etc/apt/sources.list  /etc/apt/sources.list.bak  #備份原文件
   sudo chmod 777 /etc/apt/sources.list                      #更改文件權(quán)限使其可編輯
   sudo gedit /etc/apt/sources.list                          #打開文件進(jìn)行編輯
   #刪除原來的文件內(nèi)容，復(fù)制下面的內(nèi)容到其中并保持
      deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
      deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
      deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
      deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
      deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
      deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
      deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
      deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
      deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
      deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
   

   安裝成功

1.2.2. 預(yù)編譯安裝方式（沒有sudo權(quán)限）

• 有些java軟件要求特殊的jdk版本床绪，需自行下載配置
• Oracle下載頁面：https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/
• 參考文章：https://segmentfault.com/a/1190000038587476

2.下載安裝FastQC

• 軟件主頁：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
• 下載頁面：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

在Linux上安裝FastQC具體過程如下：

1. 創(chuàng)建一個名為“Biosofts”的文件夾

   mkdir Biosofts      
   

2. 進(jìn)入“Biosofts”文件夾

   cd ~/Biosofts
   

3. 從官方下載網(wǎng)站下載FastQC的最新版本

   wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip
   

4. 解壓縮下載的文件并檢測是否解壓成功

   unzip fastqc_v0.12.1.zip -d ~/Biosofts
   ~/Biosofts/FastQC/fastqc  -h
   

5. 將FastQC的路徑添加到系統(tǒng)環(huán)境變量中并使其生效

   echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc 
   source ~/.bashrc
   

6. 通過輸入fastqc -h來檢查FastQC是否安裝成功客情。如果出現(xiàn)幫助界面，則說明安裝成功癞己。

   fastqc -h
   

下面是我上機(jī)實(shí)操的運(yùn)行畫面

3.下載安裝MultiQC

• multiqc官網(wǎng)：https://multiqc.info/
• multiqc軟件包：https://github.com/ewels/MultiQC
• channel也可以用中科大的： https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
• 除了conda膀斋，大家也可以試試pip安裝
• 如果是conda安裝，既可以在python3也可以在python2環(huán)境安裝痹雅。

在Linux上使用Anaconda安裝multiqc的過程如下：

1. 首先仰担，確保已經(jīng)安裝了Anaconda。如果沒有安裝Anaconda绩社，請參考我之前文章：Ubuntu中Anaconda的安裝與使用

2. 打開終端摔蓝，通過以下命令創(chuàng)建一個新的Python環(huán)境（我創(chuàng)建的名為"myenv"）：

   conda create -n myenv python=3.7
   

   這將創(chuàng)建一個新的Python 3.7環(huán)境，你也可以根據(jù)需要選擇其他Python版本愉耙。

3. 激活新創(chuàng)建的環(huán)境：

   conda activate myenv
   

4. 接下來贮尉，使用以下命令安裝multiqc和其依賴項(xiàng)：

   conda install -c bioconda multiqc
   #或者pip安裝
   pip install --user multiqc -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
   

   這將從bioconda渠道中安裝multiqc及其相關(guān)依賴項(xiàng)。bioconda是一個專門用于生物信息學(xué)軟件的conda渠道劲阎。

5. 安裝完成后绘盟，你就可以在該環(huán)境中使用multiqc了。

在創(chuàng)建和激活新的環(huán)境后，你可以使用conda list命令來查看已安裝的軟件包列表龄毡，以確保multiqc和其依賴項(xiàng)已成功安裝吠卷。

運(yùn)行畫面

使用

在Linux中，fastqc和multiqc是兩個用于質(zhì)量控制和報(bào)告生成的常用工具沦零。

1. FastQC：

• FastQC是一個用于快速檢查測序數(shù)據(jù)質(zhì)量的工具祭隔。
• 使用FastQC可以生成一個HTML格式的報(bào)告，其中包含有關(guān)測序數(shù)據(jù)的各種質(zhì)量指標(biāo)和圖表路操。
• FastQC支持FASTQ格式的測序數(shù)據(jù)疾渴，可以分析單個文件或多個文件。
• 命令：fastqc input.fastq 或 fastqc input1.fastq input2.fastq屯仗。

• 實(shí)例
  單個文件
  單個文件分析結(jié)果
  多個文件
  多個文件分析結(jié)果

2. MultiQC：

• MultiQC是一個用于整合多個質(zhì)量控制結(jié)果的工具搞坝。
• 使用MultiQC可以將多個FastQC或其他質(zhì)量控制工具生成的報(bào)告合并為一個整體的報(bào)告。
• MultiQC支持多種類型的報(bào)告魁袜，包括FastQC桩撮、Trimmomatic、Bowtie峰弹、BWA等店量。
• 命令：multiqc . 或 multiqc /path/to/folder.

• 實(shí)例

以上命令中，input.fastq是待分析的FASTQ格式文件鞠呈，input1.fastq和input2.fastq是多個文件的示例輸入融师。MultiQC的示例命令中，.表示當(dāng)前目錄蚁吝，/path/to/folder是包含質(zhì)量控制報(bào)告的文件夾路徑旱爆。

3.獲取測序數(shù)據(jù)

我后續(xù)會更新附帶詳細(xì)圖片的獲取過程

使用NCBI的網(wǎng)頁界面搜索、瀏覽和下載數(shù)據(jù)步驟：

1. 訪問NCBI網(wǎng)站：打開瀏覽器灭将，訪問NCBI疼鸟，網(wǎng)址為 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 。

2. 搜索數(shù)據(jù)：在NCBI的主頁或相應(yīng)數(shù)據(jù)庫的頁面上庙曙，使用搜索欄輸入你想要查找的關(guān)鍵詞空镜、Accession號、物種名稱等捌朴，然后點(diǎn)擊搜索按鈕吴攒。

3. 過濾結(jié)果：在搜索結(jié)果頁面，你可以使用篩選器砂蔽、限定條件和其他選項(xiàng)來縮小結(jié)果范圍洼怔，以便找到你需要的數(shù)據(jù)。

4. 選擇數(shù)據(jù)：在搜索結(jié)果中找到你需要的數(shù)據(jù)左驾，點(diǎn)擊相關(guān)條目查看詳細(xì)信息镣隶。

5. 下載數(shù)據(jù)：在數(shù)據(jù)的詳細(xì)信息頁面极谊，通常會有一個“Download”或類似的按鈕或鏈接，點(diǎn)擊它將會彈出下載選項(xiàng)安岂。選擇你想要的文件格式（如FASTA轻猖、FASTQ等）以及下載位置，然后開始下載域那。

這些步驟是籠統(tǒng)的咙边，具體的步驟和界面可能因NCBI網(wǎng)站的更新而有所變化〈卧保可以多看看相關(guān)教學(xué)內(nèi)容败许。

上述實(shí)機(jī)操作畫面因?yàn)槭褂玫牟煌绞脚c賬號登錄的Linux（帶圖形界面的是我自己電腦上操作，沒有圖形界面的是通過老師提供的賬號與服務(wù)器遠(yuǎn)程操作的）淑蔚，界面圖片和賬號已及環(huán)境名稱會有差別市殷，但整體操作過程是相同的。