生物學(xué)重復(fù)與技術(shù)重復(fù)
在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表達(dá)分析的時(shí)候屯曹，經(jīng)常聽說生物學(xué)重復(fù)和技術(shù)重復(fù)单旁，這篇文章我們就來簡(jiǎn)單介紹二者的含義。
首先利用一張示意圖對(duì)二者做一個(gè)簡(jiǎn)單介紹：
使用同一個(gè)抽提的RNA重復(fù)進(jìn)行芯片雜交稱為技術(shù)重復(fù)。取重復(fù)點(diǎn)的平均值，由于平均值與組分本身相比變異較小梗肝， 所得到的表達(dá)評(píng)價(jià)更可靠。由于抽提具有可重復(fù)的特點(diǎn)铺董， 與生物學(xué)重復(fù)相比巫击， 技術(shù)重復(fù)的測(cè)量變異程度較小。但是技術(shù)重復(fù)不是完全獨(dú)立的精续，取平均值不能去除共有的系統(tǒng)偏差（Yang and Speed, 2002）坝锰。重復(fù)分析來自同一個(gè)抽提物的RNA，通過減少實(shí)驗(yàn)中的技術(shù)變異驻右， 將對(duì)特定的樣本產(chǎn)生高可信度的測(cè)量結(jié)果， 但是并不能給出同一群體的另一個(gè)樣本的任何信息崎淳。這就如同通過重復(fù)多次測(cè)量同一個(gè)男人和女人的身高堪夭，是無法得出男性和女性身高差異的結(jié)論一樣。如果我們要預(yù)測(cè)并推測(cè)整個(gè)人群拣凹，測(cè)量幾個(gè)不同的男人和幾個(gè)不同的女人是必要的森爽，即我們需要生物學(xué)重復(fù)。
生物學(xué)重復(fù)可以定義為使用來自不同抽提的RNA樣本進(jìn)行雜交嚣镜，例如爬迟，同一來源獨(dú)立制備的樣本，或者不同來源的樣本（不同的組織菊匿，或者一個(gè)細(xì)胞系的不同培養(yǎng)物）付呕。對(duì)每一個(gè)RNA樣本制備來說计福，只要抽提之后的步驟是獨(dú)立進(jìn)行的，那么分析測(cè)量就是獨(dú)立的徽职。當(dāng)然象颖，真正的生物學(xué)重復(fù)應(yīng)使用獨(dú)立的樣本來源：例如平行培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)胞株。雖然對(duì)于特定的基因姆钉，生物學(xué)重復(fù)的變異大于技術(shù)重復(fù)说订，但是由每一個(gè)獨(dú)立樣本引入的偏差通過取每一個(gè)測(cè)量的平均值幾乎消除，因此生物學(xué)重復(fù)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果易于廣泛概括潮瓶。通常陶冷， 生物學(xué)重復(fù)用于概括性結(jié)論的驗(yàn)證，技術(shù)重復(fù)用于減少這些結(jié)論的變異性（Yang and Speed,2002毯辅； Draghici et al.,2001） 埂伦。
文中提及的相關(guān)文獻(xiàn)鏈接：
Yee Hwa Yang & Terry Speed. Design issues for cDNA microarray experiments. Nature Reviews Genetics 3, 579-588 (August 2002) http://www.nature.com/nrg/journal/v3/n8/full/nrg863.html
Draghici S., Kuklin A., Hoff B. Shams S. - Experimental Design, Analysis of Variance and Slide Quality Assessment in Gene Expression Arrays, Current Opinion in Drug Discovery & Development, vol. 4, no. 3, 2001. http://www.eng.wayne.edu/user_files/551/file/Quick_Upload/Experimental%20design,%20analysis%20of%20variance%20and%20slide%20quality%20assessment%20in.pdf
