寫在前面
在《原始數(shù)據(jù)到Counts數(shù)據(jù)》中，已經講明白了憋飞，如何得到Counts表格霎苗。
總之，運行結束榛做，你應該會得到以下文件
ls -1 *.csv
gene_count_matrix.csv
transcript_count_matrix.csv
其中一個是gene水平的Counts數(shù)據(jù)唁盏，一個是轉錄本水平的内狸。除非有特殊要求，一般我們只使用基因水平的Counts厘擂。
那么接下來就是進行差異表達分析
準備輸入文件
-
Counts文件
CSV格式昆淡，在上述我們已經準備好了，大體如下
2.樣本信息文件刽严，sample.info
注意昂灵，header必須是Sample type condition
樣本信息，應該是將會用到的所有樣本舞萄，比如（編一個）
3.兩兩比較的信息眨补，comp.info
注意，header必須是Sample1 Sample2
這個文件比較重要倒脓，可以一次設置無限個比較方案撑螺，比如
這個輸入，就會進行7個兩兩比較的差異表達分析
進行差異表達分析
進行差異表達分析崎弃，比較簡單...(如果報錯甘晤，找Junting Feng
Rscript /tools/XiaLabRNAseqPipe/DiffAnalysis.r gene_count_matrix.csv sample.info comp.info
等著，等到最后就完成了
輸出的文件比較多饲做，包括差異表達分析結果和PCA等
寫在最后
看不懂結果的线婚，找JuntingFeng
