參考：
「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——連接各類R圖形
R神包export的使用
緣由;
最近使用ChIPseeker 對peak進行了注釋，畫一個注釋結(jié)果分布圖，結(jié)果發(fā)現(xiàn)畫pie 圖甘改，右邊legend 被覆蓋了；但是畫bar 圖一切正常。以為直接將畫布拉寬就行，但沒有變化恨樟。。疚俱。
image.png
- code
library(ChIPseeker)
library(org.Hs.eg.db)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(clusterProfiler)
library(VennDiagram)
library(stringi)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
# devtools::install_github("tomwenseleers/export")
library(export)
library(ggplotify)
setwd("E:\\單細胞\\HZAU_scChIP\\測試CUT&Tag\\Fig5_peak注釋結(jié)果")
##
peak <- readPeakFile("ENCFF465EGH.bed")
# covplot(peak, chr = c("chr1", "chr2"))
peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000), TxDb = txdb, annoDb="org.Hs.eg.db")
## 基礎(chǔ)pie
plotAnnoPie(peakAnno)
## 轉(zhuǎn)換成ppt
graph2ppt(file="effect plot.pptx", width=7, height=5)
## 轉(zhuǎn)換成ggplot
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1
實踐：
1.發(fā)現(xiàn)畫bar 圖一切正常劝术，并且是一個ggplot2 對象，可以直接修改主題呆奕；pie 使用的pie 函數(shù)畫的养晋，基礎(chǔ)繪圖。https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/blob/master/R/plotAnno.R
-
首先我們畫ggplot2 時候登馒，畫板面積太小匙握，可能導(dǎo)致文字疊加問題，手動調(diào)整大小就可以陈轿；基礎(chǔ)語法的pie 圖圈纺，我們拉寬畫布，查看效果麦射，還是存在疊加想象
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- 怎么讓它顯示正常呢蛾娶，可以拉寬畫布，在運行一次餅圖函數(shù)潜秋。
plotAnnoPie(peakAnno)
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2.嘗試用ggplotify 包解決問題
-
我對基礎(chǔ)語法蛔琅，理解不深刻。運行后出現(xiàn)報錯
image.png 如何需要轉(zhuǎn)換成ggplot2 語法峻呛，可以這樣操作
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1+ theme_bw()
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3.export 包使用
- 對于圖例和餅圖存在疊加情況罗售，用基因語法畫圖，及時導(dǎo)出為ppt,還是無法顯示被覆蓋區(qū)間的內(nèi)容钩述≌辏可能是ggplot 和 基礎(chǔ)語法 畫圖差異。
-
但是導(dǎo)出ppt ,取消組合牙勘，日常修圖可以勝任的职恳。
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思考
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ggplotify可以將base plot 轉(zhuǎn)換成ggplot 對象。as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))方面，要加上~波浪號 - export 轉(zhuǎn)換成ppt 放钦，完成日常修圖
- ChIPseeker里面
plotAnnoPie基礎(chǔ)語法繪圖；plotAnnoBar使用ggplot 語法繪圖
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