提取RNA相關

最近要提取組織RNA奈揍,上網看了下其他前輩的經驗貼男翰,現(xiàn)將丁香園“丁香師兄”的經驗貼整理如下。原文鏈接https://www.biomart.cn/experiment/443/448/2282643.htm奏篙,有刪減

--自己的一些經驗--
之前都是在提細胞的RNA迫淹,用量一般是細胞瓶/6孔板的一個孔用1ml秘通,12/24孔板用0.5。
彩艷姐的意思是肺稀,這個用量是足夠多的,一般就按照這個量來加就可以了应民。后續(xù)異丙醇等按照trizol的用量來加。
操作過程中都是無酶的用具诲锹,冰上操作繁仁。

看完了丁香師兄的protocol和經驗,發(fā)現(xiàn)了自己之前忽略的幾個點:
①防止內源RNA酶的降解很重要归园,細胞要放在冰上,組織在液氮研磨成粉末并加 Trizol 之前不能化凍
②足量trizol可防止組織中內源性RNA酶降解RNA庸诱,充分研磨對于防止RNA降解也是類似的道理
③最后一步酒精洗滌可多加捻浦,充分反應,把RNA彈起來

關于配套試劑

Trizol 法提取 RNA 是要用到氯仿桥爽、異丙醇和乙醇的朱灿。氯仿遇光易分解,異丙醇雖然沒有特殊說明钠四,但我查的據(jù)說也是最好避光保存盗扒,不過這種試劑都是棕色瓶子形导,能遮蔽大部分的光線了环疼。

關于實驗時的防護:

RNA 很容易降解炫隶,所以實驗時一般都要求口罩帽子的,避免組織的污染煞檩。不過以我的經驗斟湃,好像內源性的 RNA 酶才是最主要的,也就是組織內本身的 RNA 酶凝赛。開始我是很小心墓猎,但是提取出來發(fā)現(xiàn)還是降解了,后來有經驗了赚楚,即使組織掉在地上毙沾,拿回去繼續(xù)提也沒問題(前提是不能化凍)。所以最最重要的是組織在液氮研磨成粉末并加 Trizol 之前不能化凍宠页,這也是 fast200 法提取效果不好的原因(fast200 法一般不用液氮研磨)左胞。

關于液氮研磨

萬事開頭難,液氮研磨是最開始的步驟举户,也是最辛苦的步驟烤宙。很多女孩子都怕液氮,畢竟是零下近 200 度的東西俭嘁,當然不是鬧著玩的门烂。不過只要小心操作,一般沒啥問題兄淫,我提了一個多月的 RNA,對液氮是很親切了蔓姚,呵呵捕虽。我是找了一個保溫杯,倒出一些液氮坡脐,然后再往研缽里倒泄私。研磨的時候多加幾次液氮,組織會慢慢變脆备闲,就會好研一些晌端,對于一些含水量比較大,很硬的組織恬砂,我是準備了刀片咧纠,切成小塊后再研磨,一定研磨充分泻骤,不要求研磨成奶粉狀漆羔,但至少得看不到明顯的顆粒梧奢,這樣 Trizol 才能充分和組織接觸,快速裂解組織演痒,也能防止組織的降解(Trizol 內含 RNA 酶抑制劑)亲轨。

關于組織量

研磨前最后稱一下組織的重量,畢竟 1 ml 的 Trizol 最多只能裂解 100 mg 的組織鸟顺。Trizol 里面是含有 RNA 酶抑制劑的惦蚊,如果組織過量,Trizol 無法完全浸潤組織無法完全裂解組織讯嫂,多余組織內的 RNA 酶等物質會導致 RNA 的降解蹦锋。這是 RNA 降解的很重要的原因。

關于提取步驟

標準 Trizol 提取步驟為 液氮研磨--加入 Trizol 裂解--加入氯仿抽提--離心--加入氯丙醇沉淀--離心--酒精洗滌--離心端姚。

因為提取的組織晕粪,在加入 Trizol 后增加了一步簡短的離心,可以幫助去掉一些無法降解的組織渐裸,比如纖維和雜質之類巫湘,然后取上清再加入氯仿,可以幫助提高氯仿的效率昏鹃。然后就是在加入 Trizol 后尚氛,可以將裂解液放到-80 凍存半小時以上,據(jù)說凍融過程中可以再次幫助更加充分的裂解細胞洞渤,分離蛋白和 RNA阅嘶。我試了一下,的確有效果载迄。

關于個步驟的時間

標準的時間是:

a. 液氮研磨(沒時間要求讯柔,只要組織不化就好, 我一般一個組織十分鐘左右,女孩子可能時間長一些护昧,畢竟體力活)

b. 加入 Trizol 裂解 5-10 分鐘(我覺得還是 10 分鐘比較好魂迄,有人說這步要放在冰上,但是我的經驗室溫就可以惋耙,室溫更有利于 Trizol 完全發(fā)揮作用捣炬,而且畢竟 Trizol 含有 RNA 酶抑制劑,不用擔心 RNA 降解)

c. 加入氯仿室溫靜置 15 分鐘(國產試劑真是坑爹啊绽榛,說明書把這步時間縮短到 3 分鐘湿酸,出來效果奇差)

d. 離心 15 分鐘,這是管見的一步灭美,離心后分成三層推溃,RNA 在上清里,所以離心管從離心機拿出來的時候要輕巧届腐,以免管內物質震蕩導致下層沉淀激起美莫。吸取上清的時候一定一定輕页眯,切忌吸取太多,少量即可厢呵,洗到 400-500ul 就 OK 了窝撵,再多就容易碰到下層沉淀了。

e. 加入異丙醇靜置 10 min襟铭,然后離心 10 min碌奉。

f. 用 75% 酒精洗滌沉淀,幫助分離剩余的有機試劑(剩余有機試劑過多會影響 OD 值和 PCR反應)寒砖,所以酒精盡量多加一些赐劣,一般說明書沒有說明這一步的時間,只是說劇烈渦旋震蕩哩都,我的經驗是一定把沉淀彈起來魁兼,讓浮在酒精中,然后放 1-2 min漠嵌,讓酒精充分接觸沉淀咐汞,充分溶解有機試劑,然后再離心儒鹿。

g. 加入 DEPC 處理水化撕,組織提取出來的量還是挺大的,雖然不是很純约炎,所以溶解液還是不能太少植阴,至少要 50ul,之前一個大姐給我說加 20ul 就可以圾浅,結果濃度直接高得光度計測不出來了掠手。而且濃度太高跑電泳時也跑不開,沒法鑒定狸捕。

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