CommPath本身是一個(gè)基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（scRNA-seq）對(duì)細(xì)胞間配體-受體相互作用及其間信號(hào)通路介導(dǎo)的通信過(guò)程進(jìn)行分析和可視化的R包。CommPath構(gòu)建了一個(gè)綜合的信號(hào)通路數(shù)據(jù)庫(kù)以解釋LR的作用各吨，從而對(duì)功能性LR進(jìn)行鑒定枝笨。
基于CommPath構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫(kù)，我們可以很方便的獲得多個(gè)物種信號(hào)通路的基因集揭蜒，包括KEGG, WikiPathways, reactome pathways, 以及GO terms等横浑。獲取這些基因集之后，可以手動(dòng)進(jìn)行通路富集分析屉更、基因集活性打分等分析
library(CommPath)
# 獲得人的全部KEGG通路數(shù)據(jù)庫(kù)
hs.kegg <- CommPathData$DataKEGGpathway$hsapiens
# 獲得人的GO數(shù)據(jù)庫(kù)中“Nervous system development”條目對(duì)應(yīng)的基因集
hs.go.nervous <- CommPathData$DataGOterm$hsapiens[['Nervous system development']]
head(hs.go.nervous)
[1] "SCYL3" "SEMA3F" "CYP51A1" "BAD" "WNT16" "HECW1"
