前言
這年頭，誰還TM的做GWAS～
今天導(dǎo)師不是想和你看流星雨漾狼，
是想和你看看他感興趣SNPs在某個亞組數(shù)據(jù)中的基因型.......
怎么辦去扣？
I have 一堆SNPs， I have 原始數(shù)據(jù)～
嗯～
怎樣得出SNPs在原始數(shù)據(jù)的基因型堪唐？
首先翎蹈，你要準(zhǔn)備一個“感興趣亞組”的txt文件（包括兩列Family ID和Individual ID）淮菠，參考前面關(guān)于keep操作的說人話～
然后，給自己感興趣的SNPs做一個txt文件（Excel也好荤堪，Terminal Vim操作也罷）合陵，樣子如下：
發(fā)動澄阳！Plink Combo拥知！
/Users/seedson/Biosoft/plink_mac_20190617/plink --noweb --file /Volumes/xxx/70389_LungSomke/cxxx/chr23 --keep /Users/xxx/20200218/all_control_and_cancer_chr25.txt --allow-no-sex --extract /Users/xxx/20200214/significant_X_SNPs.txt --recode --tab --out all_significant_snps
解釋如下：
/Users/seedson/Biosoft/plink_mac_20190617/plink （告訴電腦Plink的軟件的位置）
--noweb?（不需網(wǎng)絡(luò)）
--file /Volumes/xxx/70389_LungSomke/cxxx/chr23 ?（告訴Plink要采取操作的數(shù)據(jù)在哪里）
--keep /Users/xxx/20200218/all_control_and_cancer_chr25.txt?（告訴Plink要keep操作提取的亞組是什么，在哪里）
--allow-no-sex （容許不區(qū)分性別寇荧，原始文件中沒有性別的label举庶，其他分析不一定要用）
--extract /Users/xxx/20200214/significant_X_SNPs.txt?（告訴Plink要提起的SNPs是什么，在哪里）
--recode --tab （輸出的格式）
--out all_significant_snps （告訴Plink分析完后揩抡，寫出結(jié)果的文件名字- 自己給分析一個名份～）
輸出結(jié)果如下：
后記：
何時，才能夠結(jié)束這個破課題......
一個窮學(xué)生峦嗤，看完不點贊蕊唐，不打賞，
你們心不痛嗎烁设？
