封面
有了R語言的基礎(chǔ)，以及ggplot2繪圖基礎(chǔ)称鳞，我們的生信常用分析圖形的繪制就可以提上日程了紫谷！本系列威创，師兄就開始帶著大家一起學(xué)習(xí)如何用R語言繪制我們自己的各種分析圖吧榕订！
由于本系列的所有分析代碼均為師兄細(xì)心整理和詳細(xì)注釋而成的！歡迎點(diǎn)贊蛹找、收藏姨伤、轉(zhuǎn)發(fā)！
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- 各種類型的熱圖你學(xué)會了嗎乍楚？
- 普通熱圖
- 環(huán)形熱圖
- 解鎖火山圖真諦！
- plot函數(shù)就能畫火山圖届慈？
- 高級函數(shù)繪制火山圖--ggplot2徒溪、ggpurb
- 經(jīng)典富集分析及氣泡圖忿偷、柱狀圖繪制
- 氣泡圖繪制
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- 生存分析 -- KM曲線圖
- 基礎(chǔ)PCA圖
- 云雨圖
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- 環(huán)形互作網(wǎng)絡(luò)圖
- 相互作用網(wǎng)絡(luò)圖
- 聚類樹美化
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- 瀑布圖
- 森林圖
- 曼哈頓圖
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- 三線表
- 嵌套圈圖
- 列線圖
- 蜂群圖
- 箱線圖+貝塞爾曲線
- 矩陣散點(diǎn)圖
- 等等臊泌，想到再繼續(xù)補(bǔ)充＠鹎拧！渠概！
本期熱圖結(jié)果展示
本小節(jié)共包括兩種常用熱圖的代碼茶凳，最終圖形效果如下！有需要的可以支持一下哦播揪！
普通熱圖
image.png
環(huán)形熱圖
image.png
普通熱圖
rm(list = ls())
library(pheatmap)
data <- as.matrix(read.table("data.txt",row.names = 1,header = T,sep = "\t"))
# 構(gòu)建列注釋信息
annotation_col = data.frame(CellType = factor(c("A","B","C","D","E",
"F","G","H","I","J"))
#Sex = factor(rep(c("F","M"),5))
)
rownames(annotation_col) <- colnames(data)
head(annotation_col)
# 構(gòu)建行注釋信息
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(6, 6, 6)))
)
rownames(annotation_row) = rownames(data)
head(annotation_row)
# 自定注釋信息的顏色列表
ann_colors = list(
# Sex = c(F = "red", M = "#016D06"),
CellType = c(A = "#65B99F", B = "#F08961", C = "#8A9BC3", D = "#DA85B5", E = "#A1CC56",
F = "#F5D239", G = "#7CC07B", H = "#BAABD0", I = "#3766A4", J = "#DF3078")
# GeneClass = c(Path1 = "#7570B3", Path2 = "#E7298A", Path3 = "#66A61E")
)
head(ann_colors)
pheatmap(data,
# 去掉聚類樹：
cluster_cols = FALSE,
cluster_rows = FALSE,
# 加color bar：列注釋信息贮喧；
annotation_col = annotation_col,
# 行注釋信息：
# annotation_row = annotation_row,
# color bar 顏色設(shè)定：
annotation_colors = ann_colors,
# 設(shè)置單元格顏色漸變；(100)表示分100段漸變猪狈；
color = colorRampPalette(c("#FDEBEA","#D5281F"))(100),
# 行箱沦、列標(biāo)簽的字體大小
fontsize_col = 8,
fontsize_row = 10,
# 是否顯示行、列名
show_colnames = F,
# 設(shè)置每個(gè)單元格的寬度和高度
cellwidth = 30,
cellheight = 24,
# 行雇庙、列聚類樹的高度：
# treeheight_row = 50,
# treeheight_col = 30,
# display_numbers = TRUE參數(shù)設(shè)定在每個(gè)熱圖格子中顯示相應(yīng)的數(shù)值谓形，
# number_color參數(shù)設(shè)置數(shù)值字體的顏色
display_numbers = TRUE,number_color = "black",
# 設(shè)置標(biāo)題：
main = "Heatmap")
image.png
環(huán)形熱圖
rm(list = ls())
library(ggtree)
data <- as.matrix(read.table("data.txt",row.names = 1,header = T,sep = "\t"))
df <- hclust(dist(data))
p1 <- ggtree(df)
gheatmap(p1,data)
p2 <- ggtree(df,layout = "circular")
p2
# 設(shè)置開口方向：rotate_tree()
p3 <- rotate_tree(p2,100)
gheatmap(p3 + geom_tiplab(offset = 13),data,
# 設(shè)置熱圖的寬度：
width = 1.5,
# 設(shè)置單元格的顏色：
low = "#FDEBEA",
high = "#D5281F",
font.size = 3,
colnames_position = "top",
# 調(diào)整開口大小
colnames_offset_y = 1,
# 調(diào)節(jié)列名和頂部之間的距離：
hjust = 0
) +
theme(legend.position = "right")
# 后續(xù)工作可以在Ai中調(diào)整；
image.png
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漸變火山圖
氣泡圖+相關(guān)性熱圖
復(fù)雜提琴圖
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復(fù)雜散點(diǎn)圖
復(fù)雜熱圖02
甘特圖
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瀑布圖
曼哈頓圖
KEGG富集圖
啞鈴圖
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