（a）：手動(dòng)建立CellChat受配體數(shù)據(jù)庫(kù)止邮。CellChatDB考慮了已知的配體受體復(fù)合物的組成滓窍，包括配體和受體的多聚復(fù)合物骄崩，以及幾種輔助因子類型:可溶性激動(dòng)劑绍载、拮抗劑、共刺激和共抑制膜結(jié)合受體两波。CellChatDB包含2021種已驗(yàn)證的L-R 對(duì)瞳步，包括60%的分泌相互作用（secreting interactions）。 此外雨女，有48%的相互作用涉及異質(zhì)分子復(fù)合物谚攒。
（b）：?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)輸入與預(yù)處理。CellChat將細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù)和細(xì)胞注釋的meta信息（也可以運(yùn)行無(wú)標(biāo)簽?zāi)Ｊ剑┳鳛檩斎敕斩椋A(yù)處理會(huì)先在每個(gè)類群細(xì)胞中鑒定過(guò)表達(dá)的基因馏臭。
（c）： 細(xì)胞通訊模型計(jì)算。CellChat對(duì)通信概率進(jìn)行建模讼稚，并識(shí)別重要通信括儒。① 交叉引用配體-受體相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)；②使用質(zhì)量作用定律（law of mass action）定量細(xì)胞通訊概率锐想；③ 推斷統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物學(xué)上顯著的細(xì)胞通信帮寻。
（d）：細(xì)胞通訊結(jié)果可視化提供了三種模式：層次圖（hierarchy plot）， 圈圖 (Circle plot)赠摇，氣泡圖（bubble plot）
（e）：細(xì)胞通訊模式分析固逗。 CellChat通過(guò)圖論、模式識(shí)別和流形學(xué)習(xí)等方法對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行定量測(cè)量藕帜，從而更好地解釋細(xì)胞間通信網(wǎng)絡(luò)烫罩。使用網(wǎng)絡(luò)中心性分析識(shí)別細(xì)胞的信號(hào)角色，發(fā)現(xiàn)主要的細(xì)胞通訊模式洽故，信號(hào)通路拓?fù)浜凸δ芟嗨菩缘姆诸惐丛堋３朔治鰡蝹€(gè)數(shù)據(jù)集，CellChat 還可以跨不同條件識(shí)別共享的和特定于上下文的信號(hào)时甚，如不同的發(fā)育階段和生物條件隘弊。
