Bootstrap，即自展值剪侮，是用來檢驗你所計算的進化樹分支可信度的拭宁。簡單地講就是把序列的位點都重排，重排后的序列再用相同的辦法構樹瓣俯，如果原來樹的分枝在重排后構的樹中也出現(xiàn)了杰标，就給這個分枝打上一分，如果沒出現(xiàn)就給0分彩匕，這樣經過你給定的repetitions次（至少1000次）重排構樹打分后腔剂，每個分枝就都得出分值，計算機會給你換算成bootstrap值驼仪。
Bootstrap values （步長值）是指在你選擇的遺傳距離算法（一般選擇鄰接法即NJ法）中軟件根據(jù)所比對序列得到結果 比如 bootstrap value設置為1000桶蝎，即軟件構建了相應的1000”棵樹“驻仅，在每個節(jié)點上顯示的bootstrap value 即指在這1000次建樹過程中，有相應的次數(shù)的頻率這個分枝內的幾株菌或幾段序列在進化速度上相似登渣，一般認為節(jié)點處的bootstrap value大于500時分析結果可信噪服，bootstrap value 在mega ,philiphy,等軟件中常見。
這個值在MEGA7默認是沒有的胜茧，那怎么才會顯示呢粘优？
點擊 Phylogeny---->Construct ML tree，這時會彈出下面這張圖呻顽，注意在Phylogeny Test上選擇Bootstrap method,下面次數(shù)可以自己定義雹顺，一般是選1000次，然后點擊運行就行了
本來部分參考自?http://www.360doc.com/content/14/0617/22/17553313_387599563.shtml
