問題原因總結(jié)
缺少適用于 Mac M1 的 Fortran 編譯器（gfortran）就會(huì)導(dǎo)致如下包錯(cuò)：
ld: library 'gfortran' not found
clang++: error: linker command failed with exit code 1
? 原因分析：
? chromVAR 包在安裝過程中需要編譯包含 Fortran 代碼的部分蛮浑。
? 系統(tǒng)中沒有安裝適用于 Apple Silicon (ARM64) 的 gfortran 編譯器钞护，導(dǎo)致鏈接器無法找到 gfortran 庫(kù)文件彬伦。
? 鏈接器搜索路徑 /opt/gfortran/lib 不存在，無法找到必要的庫(kù)。
- 鏈接器搜索路徑錯(cuò)誤
? 鏈接器嘗試在不存在的路徑中搜索庫(kù)文件：
ld: warning: search path '/opt/gfortran/lib' not found
? 這可能是因?yàn)橄到y(tǒng)環(huán)境中缺少正確的庫(kù)路徑設(shè)置，或者之前的編譯器安裝不完整。
解決方法總結(jié)
- 安裝適用于 Mac M1 的 gfortran 編譯器
? 步驟：
? 從 R for macOS 工具頁面下載適用于 Apple Silicon 的 gfortran 安裝包渤涌。
? 直接下載鏈接：gfortran-ARM-12.2-Monterey.pkg
? 安裝該包，將 gfortran 編譯器和相關(guān)庫(kù)文件安裝到 /opt/gfortran/ 目錄把还。
- 確保系統(tǒng)正確識(shí)別 gfortran 庫(kù)路徑
? 驗(yàn)證庫(kù)路徑：
? 檢查 /opt/gfortran/lib 目錄是否存在并包含庫(kù)文件实蓬。
? 設(shè)置環(huán)境變量（如有必要）：
? 在終端中添加庫(kù)路徑到 LIBRARY_PATH 和 LD_LIBRARY_PATH：
export LIBRARY_PATH="/opt/gfortran/lib:$LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/gfortran/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
? 或者將上述命令添加到 ~/.bash_profile 或 ~/.zshrc 中茸俭。
- 重新安裝關(guān)鍵的 R 包
? 重新安裝 Rcpp 和 RcppArmadillo：
install.packages("Rcpp")
install.packages("RcppArmadillo")
? 這確保了這些包與新的編譯器配置兼容。
- 再次安裝 chromVAR
? 使用 BiocManager 安裝：
BiocManager::install("chromVAR")
? 由于之前的問題已解決安皱，安裝過程應(yīng)當(dāng)順利完成调鬓。
結(jié)論
? 主要問題：缺少適用于 Mac M1 (ARM64) 的 gfortran 編譯器，導(dǎo)致在安裝 chromVAR 包時(shí)酌伊，鏈接器無法找到必要的 Fortran 庫(kù)腾窝。
? 解決方案：安裝適用于 Apple Silicon 的 gfortran 編譯器，確保鏈接器能夠找到并使用正確的庫(kù)文件居砖。
