一劣摇、在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列。
二顶伞、在創(chuàng)建好的文件夾下面饵撑，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面創(chuàng)建文本文件 me.txt
三唆貌、在文本文件 me.txt 里面輸入內(nèi)容:
Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?
方法一 用cat 追加
方法二 vim編輯器編輯文檔
前三題效果如下：
四滑潘、刪除上面創(chuàng)建的文件夾 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt
五、在任意文件夾下面創(chuàng)建 folder1~5這5個(gè)文件夾锨咙，然后每個(gè)文件夾下面繼續(xù)創(chuàng)建 folder1~5這5個(gè)文件夾.
六语卤、在第五題創(chuàng)建的每一個(gè)文件夾下面都 創(chuàng)建第二題文本文件 me.txt ，內(nèi)容也要一樣酪刀。(這個(gè)題目難度超綱粹舵，建議一個(gè)月后再回過頭來做)
七，再次刪除掉前面幾個(gè)步驟建立的文件夾及文件
八骂倘、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件眼滤，后在里面選擇含有 H3K4me3 的那一行是第幾行，該文件總共有幾行历涝。
九诅需、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解壓荧库，查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)
十堰塌、打開第九題解壓的文件，進(jìn)入 rmDuplicate/samtools/single 文件夾里面分衫，查看后綴為 .sam 的文件场刑，搞清楚 生物信息學(xué)里面的SAM/BAM 定義是什么。
- sam為標(biāo)準(zhǔn)文件
- bam為sam的二進(jìn)制文件
十一蚪战、安裝 samtools 軟件
十二牵现、打開 后綴為BAM 的文件，找到產(chǎn)生該文件的命令邀桑。 提示一下命令是：
/home/jianmingzeng/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 20 -x /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 -S /home/jianmingzeng/data/public/allMouse/alignment/WT_rep2_Input.sam -U /tmp/41440.unp
十三題施籍、根據(jù)上面的命令，找到我使用的參考基因組 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 具體有多少條染色體概漱。
十四題丑慎、上面的后綴為BAM 的文件的第二列，只有 0 和 16 兩個(gè)數(shù)字，用 cut/sort/uniq等命令統(tǒng)計(jì)它們的個(gè)數(shù)竿裂。
十五題玉吁、重新打開 rmDuplicate/samtools/paired 文件夾下面的后綴為BAM 的文件，再次查看第二列腻异，并且統(tǒng)計(jì)
十六題进副、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip 文件，并且解壓悔常，查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)影斑， 這個(gè)文件有2.3M，注意留心下載時(shí)間及下載速度机打。
十七題呛哟、解壓 sickle-results/single_tmp_fastqc.zip 文件提揍，并且進(jìn)入解壓后的文件夾，找到 fastqc_data.txt 文件，并且搜索該文本文件以 >>開頭的有多少行黄鳍？
十八題苟耻、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 文件棋弥，去NCBI找到TP53/BRCA1等自己感興趣的基因?qū)?yīng)的 refseq數(shù)據(jù)庫(kù) ID杖爽，然后找到它們的hg38.tss 文件的哪一行。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157
十九題空免、解析hg38.tss 文件空另，統(tǒng)計(jì)每條染色體的基因個(gè)數(shù)。
二十題蹋砚、解析hg38.tss 文件扼菠，統(tǒng)計(jì)NM和NR開頭的熟練，了解NM和NR開頭的含義都弹。
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