總結(jié)能力不太強(qiáng),改了一遍又一遍最后決定按照題目一個(gè)個(gè)來(lái):
1. 生物信息一般做哪些事情
答案是我百度來(lái)的:測(cè)序與序列對(duì)比泉手,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)對(duì)比與預(yù)測(cè)只恨,基因識(shí)別。對(duì)于這些術(shù)語(yǔ)
我理解表面意思拼弃,但是具體如何操作還不清楚
2. 從業(yè)者要掌握哪些技能
首先,數(shù)據(jù)分析是很重要的摇展,如果不會(huì)數(shù)據(jù)分析就算得到了結(jié)果也沒(méi)用吻氧。
然后應(yīng)該是基本的程序語(yǔ)言,比如R咏连,petrl医男,python等等,然后開(kāi)始學(xué)習(xí)lunix的操作
最后我認(rèn)為比較重要的一點(diǎn)是可以靜下心來(lái)仔仔細(xì)細(xì)的分析程序運(yùn)行中出現(xiàn)的error捻勉,我
一向看見(jiàn)error就放棄,換個(gè)包來(lái)試試或者晾幾天再說(shuō)刀森。
3. 電腦的配置要求
電腦的配置不是很懂踱启,只要安裝ubuntu的時(shí)候可以有至少10G的內(nèi)存留給ubuntu和conda
就可以了。
4. 如何部署工作環(huán)境
對(duì)于系統(tǒng)的安裝我想我沒(méi)有發(fā)言權(quán)因?yàn)槿潭际菍W(xué)長(zhǎng)幫我裝的研底。不過(guò)我在安裝的時(shí)候遇到
一個(gè)問(wèn)題埠偿,我的電腦是64位的,但是在裝好virtual box再裝操作系統(tǒng)的時(shí)候只有32位的
可以選榜晦。最后學(xué)長(zhǎng)關(guān)機(jī)再開(kāi)機(jī)冠蒋,在開(kāi)機(jī)過(guò)程中按了F幾個(gè)鍵,然后就有32位和64位一起選了乾胶。
開(kāi)始的時(shí)候我們沒(méi)有注意磁盤大小抖剿,然后再下載fastq數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)沒(méi)有位置存放
數(shù)據(jù)了,所以就重新安裝在內(nèi)存最大的磁盤了识窿,我裝在了D盤斩郎。其他的安裝conda沒(méi)有什么
問(wèn)題,比較順利喻频。
5. 如何保證分析結(jié)果可重復(fù)
第三章的數(shù)據(jù)重復(fù)我沒(méi)有得到什么重要的信息缩宜,從群里的討論來(lái)看,寫(xiě)一下我的見(jiàn)解。
就以最近學(xué)的R為例锻煌,每一個(gè)R包的使用都有相關(guān)文獻(xiàn)來(lái)展示代碼和數(shù)據(jù)妓布,好的文獻(xiàn)就是
直接copy你的代碼和數(shù)據(jù)可以得到一模一樣的結(jié)果,我認(rèn)為結(jié)果有一點(diǎn)差異都不算好的文獻(xiàn)宋梧。
第二個(gè)匣沼,根據(jù)代碼帶入任何數(shù)據(jù)都可以運(yùn)行并得到結(jié)果。我有很多次直接搬文獻(xiàn)的方法來(lái)
卻得不到任何結(jié)果還百思不得其解乃秀,總以為我自己出了什么問(wèn)題肛著。
6. 如何解決遇到的問(wèn)題
Doctor看起來(lái)是個(gè)不錯(cuò)的幫手。畢竟書(shū)上說(shuō) If any one of our
instructions causes an error, your first choice will be to see what the
doctor says.
But 我在安裝Doctor的時(shí)候就這個(gè)的時(shí)候就出現(xiàn)問(wèn)題了跺讯。
mkdir -p ~/bin
curl http://data.biostarhandbook.com/install/doctor.py > ~/bin/doctor.py
chmod +x ~/bin/doctor.py
代碼很簡(jiǎn)單枢贿,但是第二步就運(yùn)行不了了。
第一個(gè)提示:/home/yxf/bin/doctor.py: No such files
但是我明明mkdir了啊刀脏,再運(yùn)行一遍局荚,
第二個(gè)提示:bash: /bin/doctor.py: Permission denied
算了,不裝了愈污。遇到問(wèn)題去google