YXF-biostar第一周作業(yè)

總結(jié)能力不太強(qiáng),改了一遍又一遍最后決定按照題目一個(gè)個(gè)來(lái):

1. 生物信息一般做哪些事情

答案是我百度來(lái)的:測(cè)序與序列對(duì)比泉手,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)對(duì)比與預(yù)測(cè)只恨,基因識(shí)別。對(duì)于這些術(shù)語(yǔ)

我理解表面意思拼弃,但是具體如何操作還不清楚

2. 從業(yè)者要掌握哪些技能

首先,數(shù)據(jù)分析是很重要的摇展,如果不會(huì)數(shù)據(jù)分析就算得到了結(jié)果也沒(méi)用吻氧。

然后應(yīng)該是基本的程序語(yǔ)言,比如R咏连,petrl医男,python等等,然后開(kāi)始學(xué)習(xí)lunix的操作

最后我認(rèn)為比較重要的一點(diǎn)是可以靜下心來(lái)仔仔細(xì)細(xì)的分析程序運(yùn)行中出現(xiàn)的error捻勉,我

一向看見(jiàn)error就放棄,換個(gè)包來(lái)試試或者晾幾天再說(shuō)刀森。

3. 電腦的配置要求

電腦的配置不是很懂踱启,只要安裝ubuntu的時(shí)候可以有至少10G的內(nèi)存留給ubuntu和conda

就可以了。

4. 如何部署工作環(huán)境

對(duì)于系統(tǒng)的安裝我想我沒(méi)有發(fā)言權(quán)因?yàn)槿潭际菍W(xué)長(zhǎng)幫我裝的研底。不過(guò)我在安裝的時(shí)候遇到

一個(gè)問(wèn)題埠偿,我的電腦是64位的,但是在裝好virtual box再裝操作系統(tǒng)的時(shí)候只有32位的

可以選榜晦。最后學(xué)長(zhǎng)關(guān)機(jī)再開(kāi)機(jī)冠蒋,在開(kāi)機(jī)過(guò)程中按了F幾個(gè)鍵,然后就有32位和64位一起選了乾胶。

開(kāi)始的時(shí)候我們沒(méi)有注意磁盤大小抖剿,然后再下載fastq數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)沒(méi)有位置存放

數(shù)據(jù)了,所以就重新安裝在內(nèi)存最大的磁盤了识窿,我裝在了D盤斩郎。其他的安裝conda沒(méi)有什么

問(wèn)題,比較順利喻频。

5. 如何保證分析結(jié)果可重復(fù)

第三章的數(shù)據(jù)重復(fù)我沒(méi)有得到什么重要的信息缩宜,從群里的討論來(lái)看,寫(xiě)一下我的見(jiàn)解。

就以最近學(xué)的R為例锻煌,每一個(gè)R包的使用都有相關(guān)文獻(xiàn)來(lái)展示代碼和數(shù)據(jù)妓布,好的文獻(xiàn)就是

直接copy你的代碼和數(shù)據(jù)可以得到一模一樣的結(jié)果,我認(rèn)為結(jié)果有一點(diǎn)差異都不算好的文獻(xiàn)宋梧。

第二個(gè)匣沼,根據(jù)代碼帶入任何數(shù)據(jù)都可以運(yùn)行并得到結(jié)果。我有很多次直接搬文獻(xiàn)的方法來(lái)

卻得不到任何結(jié)果還百思不得其解乃秀,總以為我自己出了什么問(wèn)題肛著。

6. 如何解決遇到的問(wèn)題

Doctor看起來(lái)是個(gè)不錯(cuò)的幫手。畢竟書(shū)上說(shuō) If any one of our

instructions causes an error, your first choice will be to see what the

doctor says.

But 我在安裝Doctor的時(shí)候就這個(gè)的時(shí)候就出現(xiàn)問(wèn)題了跺讯。

mkdir -p ~/bin

curl http://data.biostarhandbook.com/install/doctor.py > ~/bin/doctor.py

chmod +x ~/bin/doctor.py

代碼很簡(jiǎn)單枢贿,但是第二步就運(yùn)行不了了。

第一個(gè)提示:/home/yxf/bin/doctor.py: No such files

但是我明明mkdir了啊刀脏,再運(yùn)行一遍局荚,

第二個(gè)提示:bash: /bin/doctor.py: Permission denied

算了,不裝了愈污。遇到問(wèn)題去google

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