Linux下載單細胞數(shù)據(jù)
數(shù)據(jù)準備
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首先找到你想要的數(shù)據(jù)庫甲棍，我這邊選擇gse155513，然后點擊 SPR274643
image.png -
在Send to選擇File拔妥，F(xiàn)ormat點擊RunInfo,然后Create File
image.png
看看長什么樣子
image.png
Linux下載原始數(shù)據(jù)
- 進入Linux系統(tǒng),選擇目錄
cd /mnt/SSS/database - 創(chuàng)建文件夾
mkdir GSE155513RAW
ls#看看你創(chuàng)建了個什么東西
cd GSE155513RAW#進入下級目錄
- 新建一個txt
vi downloads.txt
按i進入insert模式
將downloads_Path文本復制進去（觀察文本完整性忿危，自己補全），
image.png
esc退出
按shift+:進去命令模式没龙，輸入“wq”保存 - mwget后臺多線程下載SRR文件
for i in `cat downloads.txt`;
do
nohup mwget $i &
done
- 當然wget更加常用
nohup wget -i downloads.txt &
今天就先下載著铺厨，什么時候下載好了缎玫，就fastq轉化和cellranger
