- 目前常用的測序儀
Illumina: high-throughput sequenching
IonTorrent: clinical application
PacBio Sequel: long read sequencing
MinION: portable, miniaturized device, robust and reliable
原理暫時沒有搞明白 - 質(zhì)量控制步驟--Quality control of data
質(zhì)量控制：通過刪去一些錯誤的數(shù)據(jù)來提高數(shù)據(jù)質(zhì)量
質(zhì)量控制步驟：Keep reads with an average quality over a threshold
Trim back the ends of reads until the measurements are reliable
Remove known synthetic sequences
質(zhì)量控制工具：Trimomatic, cutadapt,bbduk - FastQC的結(jié)果解讀--Visualizing data quality
FastQC is FASTQ quality visualization tool
length histogram: how many sequences of each length the data contains
quality histogram: 橫軸是質(zhì)量分?jǐn)?shù)听系，縱軸是質(zhì)量讀數(shù) - 使用multiQC聚合fastqc的輸出結(jié)果
multiQC: Generate outputs that summarze multiple individual results.
安裝：source activate bioinfo
conda install multiqc -y
使用：Get and unpack the data
Run fastqc and make it keep the data directories
Run multiqc on the resulting directories
最后生成一個multiqc_report.html 的輸出結(jié)果
YXF-測序儀和質(zhì)量控制
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