這里仍然要做的實驗是RNA的northern-blot,只不過實驗的對象不再是mRNA或者tRNA,而是長度20nt左右的miRNA将硝。考慮到長度偏短屏镊,各種miRNA在我們提取的total RNA中含量不一依疼,為了快速的建立實驗體系,我們必須保證實驗樣品中要檢測的miRNA是確確實實存在的闸衫,而且含量豐富涛贯。這里我首先借助不同客戶來源的相同種屬樣本(Rattus)的miRNA-seq測序結(jié)果,統(tǒng)計了三個客戶各自測序樣本中表達(dá)量在top10內(nèi)的miRNA蔚出。并做了韋恩圖:
三種來源的miRNA-seq高表達(dá)結(jié)果統(tǒng)計
從這三個客戶樣本的測序結(jié)果中可以發(fā)現(xiàn)弟翘,有3種miRNA在三個不同客戶中同時高表達(dá)出現(xiàn),選擇一種在NCBI上查找序列信息,同時核對是否與測序序列一致骄酗。這里除了核對序列以外稀余,還可以在NCBI官網(wǎng)上查到這一“高表達(dá)”miRNA的相關(guān)文獻。感興趣的可以直接查看趋翻。這里我選擇的是miRNA-30a-5p睛琳。在NCBI的搜索欄輸入:
之后點擊Gene,會出來各個物種的選擇:選擇物種是人的(這里注意物種的區(qū)分,有時候不同物種同一miRNA序列一致)后出現(xiàn)下面的信息欄:
之后點擊序列那一欄师骗,會出現(xiàn)具體序列信息:
選擇miR-30a-5p的序列
注意一個miRNA的前提一般都比較長历等,而且可能會剪切出不同的miRNA,這里需要注意進行區(qū)分,找到自己想要的miRNA序列辟癌。注意這里的序列為miRNA序列寒屯,直接取它的反向互補序列即為探針序列。