跟著學(xué)長(zhǎng)學(xué)習(xí)了一些靶點(diǎn)預(yù)測(cè)的方法别惦，主要使用到的工具有以下兩種
- 瑞士靶點(diǎn)預(yù)測(cè)：http://www.swisstargetprediction.ch/index.php
- PharmMapper：http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/
獲取分子的3D結(jié)構(gòu)
首先需要下載需要預(yù)測(cè)的分子的3D結(jié)構(gòu)渔彰。我們可以用PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）檢索所需的化合物并下載SDF格式的文件。如果沒有3D結(jié)構(gòu)，那么2D結(jié)構(gòu)也是可以的。
使用瑞士靶點(diǎn)預(yù)測(cè)進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè)
在Select a species中可以選擇物種，點(diǎn)擊紅圈中的按鈕可以上傳SDF文件叭爱。上傳完成后點(diǎn)擊Predict targets即可進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè)。
瑞士靶點(diǎn)預(yù)測(cè)的速度是相對(duì)比較快的摹量，稍等片刻即可獲取結(jié)果涤伐。可以直接在網(wǎng)頁(yè)上瀏覽缨称，也可以點(diǎn)擊Export results中的按鈕以相應(yīng)的格式導(dǎo)出結(jié)果凝果。
使用PharmMapper進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè)
打開PharmMapper，點(diǎn)擊Submit Job提交SDF文件睦尽。
由于PharmMapper的預(yù)測(cè)速度比較慢器净，我們需要填寫自己的電子郵箱，當(dāng)預(yù)測(cè)完成后PharmMapper會(huì)發(fā)送一封郵件通知我們当凡。
點(diǎn)擊Continue后還能對(duì)任務(wù)進(jìn)行進(jìn)一步設(shè)置山害，如在Select Targets Set中可以修改預(yù)測(cè)范圍纠俭。如果需要預(yù)測(cè)人類的靶點(diǎn)，就可以選擇Human Protein Targets Only浪慌。
點(diǎn)擊Submit后任務(wù)就會(huì)開始運(yùn)行冤荆，并且會(huì)得到一個(gè)Job ID。預(yù)測(cè)完成后PharmMapper會(huì)發(fā)送一封郵件到之前填寫的郵箱权纤，郵件里會(huì)有一個(gè)指向結(jié)果頁(yè)面的鏈接（所以Job ID忘了問題也不大）钓简。
把網(wǎng)頁(yè)拉到最底部，會(huì)有一個(gè)Results Downloading (.csv file)的鏈接汹想，點(diǎn)擊即可下載預(yù)測(cè)結(jié)果外邓。
