利用MSnbase包的chromatogram函數(shù)提取質(zhì)譜數(shù)據(jù)的色譜圖。
library("MSnbase")
library("msdata")
library("magrittr")
fl <- dir(system.file("sciex", package = "msdata"), full.names = TRUE)[2]
data_prof <- readMSData(fl, mode = "onDisk", centroided = FALSE)
此次，我們提取的是下圖中藍(lán)色圓圈內(nèi)的紅色離子捞高。（下面熱圖中顏色越紅氯材，代表峰值越高）實(shí)際上，該離子峰為氨基酸-絲氨酸在LC-MS中[M+H]+峰棠枉。
ProteoWizard-Time to m/z Heatmap (ms1).jpg
serine_mz <- 106.049871
mzr <- c(serine_mz - 0.01, serine_mz + 0.01)
serine <- data_prof %>%
filterMz(mzr)
上述步驟相當(dāng)于將三維的質(zhì)譜數(shù)據(jù)做了一個(gè)切片浓体，即將m/z在106.039871到106.059871的數(shù)據(jù)切了下來(lái)泡挺。
接下來(lái)辈讶，xcms包的chromatogram函數(shù)提取色譜圖。
bpis <- chromatogram(serine)#aggregationFun參數(shù)默認(rèn)為"sum"
plot(bpis,col = c("blue"))
Rplot08.png
參考資料：
MSnbase： MS 數(shù)據(jù)處理娄猫、可視化和量化 ? MSnbase (lgatto.github.io)
