在GetOrganelle組裝結(jié)果中爱谁，如果直接成環(huán)且無多余的正向晒喷、反向重復(fù)序列，那么就能看到圖1所示的結(jié)果访敌。
graph1.1與1.2就是ssc的兩種構(gòu)象凉敲。但若基因組存在IR區(qū)之外的重復(fù)序列，這里的graph就會(huì)增多寺旺，例如圖2爷抓，在IR區(qū)中存在一個(gè)正向重復(fù)，導(dǎo)致出現(xiàn)6種可選構(gòu)象（圖3）
每個(gè)gragh1.x的長(zhǎng)度均為160570 bp蓝撇，但將圖2進(jìn)行理論性重構(gòu)應(yīng)該是90315+7062+1204+1102+251302+19143=161830 bp。
于是我在Bandage中對(duì)圖2進(jìn)行拆解陈莽。正向重復(fù)的部分拆解很容易渤昌，但為了得到如圖1那樣針對(duì)ssc的兩種構(gòu)象，我反復(fù)嘗試走搁，按照?qǐng)D4的方法独柑，卻總是難以獲得想要的那兩種構(gòu)象，有時(shí)雖然獲得了（圖5-B）私植，但確是出于巧合忌栅。我很疑惑，在我出乎意料地獲得第三種構(gòu)象（圖5-C）后曲稼，我開始領(lǐng)悟索绪。Bandage的remove or merge對(duì)數(shù)據(jù)的調(diào)整是絕對(duì)的，任意一種可能的模式調(diào)整都會(huì)導(dǎo)致數(shù)據(jù)采取不同的拼接方式躯肌。連線方式看起來只有圖4兩種模式者春，但結(jié)果應(yīng)該有四種：即LSC and SSC各有正反兩種構(gòu)象，故共可拼出四種數(shù)據(jù)清女。如何才能由兩種連線方式拼出四種構(gòu)象呢钱烟？實(shí)際上當(dāng)對(duì)IR deplicate時(shí)，復(fù)制品的移動(dòng)可以向上或向下（圖6）嫡丙，經(jīng)試驗(yàn)拴袭，這將導(dǎo)致不同的構(gòu)象。因此曙博，若想得到目標(biāo)構(gòu)象拥刻，需先以一個(gè)方向，一種連線方式進(jìn)行試驗(yàn)父泳。然后以所得構(gòu)象的共線性結(jié)果進(jìn)行分析般哼，決定如何移動(dòng)IR與連線吴汪。
獲得正確構(gòu)象蒸眠，還需先將positive and negative nodes的結(jié)果一并導(dǎo)出（圖7）漾橙，否則可能只有圖5那種整體反向的結(jié)果。保存的fasta再由bandage打開楞卡，可以看到兩條未成環(huán)的線霜运，選擇性刪除后保存，其中之一是正確的目標(biāo)構(gòu)象（圖8）蒋腮。構(gòu)象校對(duì)后的葉綠體基因組全長(zhǎng)160675 bp淘捡，不是理論的161830 bp，發(fā)現(xiàn)是正向重復(fù)deplicate, merge之后就縮短了池摧，也許是軟件重新審查了重復(fù)序列的邊界焦除，導(dǎo)致的吧。
