Linux環(huán)境下軟件的安裝
一根吁、conda的安裝
1锤岸、conda為Linux的“應(yīng)用商店”擦秽，日常使用miniconda即可
圖源：微信公眾號 生信星球
2合呐、谷歌搜索“miniconda 清華”（是清華的conda鏡像網(wǎng)站）
搜索結(jié)果
進入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
輸入命令 uname -a暮的，查看服務(wù)器是多少位的
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準(zhǔn)備安裝最新版本，右鍵復(fù)制下載鏈接
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新建并進入biosoft目錄（打出cd b淌实，然后按Tab鍵自動補齊）
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命令：wget 剛復(fù)制的下載鏈接（cmd+V粘貼）
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3冻辩、安裝miniconda
（安裝不成功就將miniconda這個目錄刪除猖腕，然后從“怎么安裝miniconda”開始重來）
（安裝有問題，可以參考演示視頻鏈接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密碼：iwcd4k）
輸入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
出現(xiàn)版權(quán)信息微猖，一直按enter鍵跳過即可
表示安裝即將開始谈息，輸入yes
安裝成功的標(biāo)志
4、激活conda
命令：source ~/.bashrc
命令：conda
安裝成功的界面
二凛剥、添加鏡像
1侠仇、鏡像網(wǎng)站相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本，conda在國外犁珠，我們在國內(nèi)下載軟件速度會很慢逻炊，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載犁享，可以加快下載速度余素。
2、復(fù)制以下命令炊昆，到Terminal中粘貼
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
三桨吊、conda的使用
1、查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表凤巨，命令：conda list
2视乐、安裝軟件，命令： conda install fastqc -y
（-y是yes敢茁，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes）
（如果要指定版本號佑淀，可以conda install fastqc=0.11.7 -y）
3、確認fastqc軟件是否安裝成功彰檬，命令：fastqc --help
出現(xiàn)的大片文字是軟件的幫助文檔伸刃，可以確定已經(jīng)安裝成功，因為只有安裝成功的軟件才能看到幫助文檔
4逢倍、卸載軟件捧颅，命令：conda remove fastqc -y
