安裝R和Rstudio
R是用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖的語言和操作環(huán)境忿墅。R是屬于GNU系統(tǒng)的一個(gè)自由疚脐、免費(fèi)邢疙、源代碼開放的軟件，它是一個(gè)用于統(tǒng)計(jì)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)制圖的優(yōu)秀工具呼畸。
RStudio是R的集成開發(fā)環(huán)境颁虐，用它進(jìn)行R編程的學(xué)習(xí)和實(shí)踐會(huì)更加輕松和方便另绩。
如何安裝笋籽？
- 官網(wǎng)下載對(duì)應(yīng)的R版本蹦漠，安裝即可。https://cran.r-project.org/
- 官網(wǎng)下載對(duì)應(yīng)的Rstudio版本车海，安裝即可侍芝。https://rstudio.com/products/rstudio/download/
安裝生信需要的軟件
如何安裝生信需要的軟件竭贩？
##第一種：直接安裝
install.packages("pheatmap")
##第二種：Bioconductor安裝
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")
library(limma) #引用limma包
如何選擇第一種還是第二種留量？
第一種
第二種
簡(jiǎn)單粗暴的方法：直接網(wǎng)頁檢索你要安裝的包，然后一般來說根據(jù)檢索結(jié)果選擇第一種還是第二種方法错敢。當(dāng)然你也可以兩種都試一下，東方不亮西方亮稚茅！
路徑設(shè)置
#在開啟一個(gè)新的生信分析流程前建議清空之前的環(huán)境
rm(list=ls()) #清除環(huán)境
getwd() #讀取當(dāng)前工作路徑
setwd('/Users/pipiliaoping/data/191128') #設(shè)置工作路徑
讀取文件
rt=read.table("test.txt",sep="\t",header=T,row.names= 1,check.names=F)
#sep="\t"表示按制表符tab分割
#header=T表示表格第一行為列名
#row.names= 1表示第一列設(shè)為行名
#check.names=F不檢查名字
可視化運(yùn)算操作
rt=as.matrix(rt) #定義為矩陣
rt[,1] #取rt矩陣的第一列
x=x+1 #x加1
x=3*x #3乘以x
x=x/3 #x除以3
x=x^2 #平方
log(10) #自然對(duì)數(shù)
exp(2) #指數(shù)
abs(-10) #-10的絕對(duì)值
trunc(2.9) #2.9取整數(shù)為2
floor(2.9) #2.9向下取整2
ceiling(2.1) #2.1向上取整為3
輸出文件
pdf(file="test.pdf",width=10,height=6) #設(shè)置文件名為test.pdf，寬10欺税，高6
dev.off() #結(jié)束繪制
write.table(x,file="test.txt",sep="\t",col.names=F) #輸出名為test.txt文件
